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东京开成学校和东京医学校的合并创建了法学、科学、文学和医学四个学部,加上一所大学预备学校(预备门; 日本近代第一高等学校),这就是最初的东京大学。初期,法学部、科学部和文学部位于神田地域,而医学部则位于本乡地域。
从建校开始,东京大学就持续合并不同领域的不同学校,比如工部大学和东京农林学校, 从而成长为一所综合性研究型大学。在这过程中,东京大学也几易其名。由于在2004年所有国立大学法人化,东京大学现在的全名是“国立大学法人,东京大学”。
目前,东京大学设有10个学部,15个研究生院,11个附属研究所(包括先端科学技术研究中心),13个大学研究中心,3个附属图书馆和3个高等研究所。此外,学部、研究生院和研究所都有其相关的附属机构。比如说,东京大学医院就是这样的附属机构。
除了本乡、驹场、柏三个主校区,东京大学的附属机构遍布全国。