यह ICMR-NICED में एक नया प्रभाग है जिसे ICMR-Virus Unit, कोलकाता को NICED के साथ विलयन के उपरांत बनाया गया है। इस प्रभाग की प्रमुख गतिविधियाँ पूर्व भारत में सार्वजनिक स्वास्थ्य महत्व की दृष्टि से उभरते वायरल रोगों की पहचान और अनुसंधान हैं। इस प्रभाग की अनुसंधान गतिविधियां सेवाएँ, प्रशिक्षण, मूल एवं व्यावहारिक शोध, और वायरस निगरानी पर सहयोगात्मक अनुसंधान पर केंद्रित हैं। वर्तमान में ये प्रभाग पूर्व भारत में वायरल हेपेटाइटिस (HBV, HCV), हर्पीज़ सिम्पलेक्स वायरस (HSV), ह्युमन साइटोमेगालोवायरस (HCMV), आर्बोवायरस (डेंगू, जापानी एन्सेफलाइटिस, चिकनगुनिया) संक्रमण की पहचान और मूल अनुसंधान में शामिल है। डेंगू, जापानी एन्सेफलाइटिस और चिकनगुनिया की पहचान के लिए NBVDCP द्वारा अभिहित एक एपेक्स रेफरल प्रयोगशाला के रूप में, यह प्रयोगशाला क्षेत्रीय-VRDL,NICED, कोलकाता की मदद से पूर्व क्षेत्र में सारा वर्ष चिकित्सकीय समर्थन देता है।

CMR-NICED डेंगू सीरोटाइपिंग निर्धारण के लिए पश्चिम बंगाल सरकार द्वारा मान्यता प्राप्त एक रेफरल प्रयोगशाला भी है और ये प्रभाग पूरा वर्ष राज्य भर में डेंगू सीरोटाइप रिपोर्ट प्रदान करता है और साथ साथ डेंगू पर अनुसंधान भी करता है। HCV द्वारा उत्पन्न वायरल हेपेटाइटिस अनुसंधान के प्रमुख क्षेत्रों में से एक है और साथ ही इस प्रभाग का एक सेवा संघटक है। यह प्रभाग वर्तमान में पूर्व भारत के विभिन्न रोगी आबादी के साथ-साथ नवजात शिशुओं, एचआईवी संक्रमित रोगियों और प्रत्यारोपण प्राप्तकर्ताओं बीच मानव सीएमवी (CMV) संक्रमण के विभिन्न पहलुओं पर शोध में शामिल है| HSV पर अध्ययन, विशेष रूप से टोल जैसे रिसेप्टर्स और अन्य प्रतिरक्षात्मक मानकों तथा HSV संक्रमण और विलंबता के उपचार के लिए इम्यूनोमॉड्यूलेटर्स की उपयोगिता की भी जांच की जा रही है।