samtools-0.1.2: Binding to the C samtools library (Index)

samtools-0.1.2: Binding to the C samtools library

Index

Bam1 Bio.SamTools.Bam

Cigar

1 (Type/Class) Bio.SamTools.Cigar

2 (Data Constructor) Bio.SamTools.Cigar

cigar Bio.SamTools.Cigar

cigars Bio.SamTools.Bam

cigarToAlignment Bio.SamTools.Cigar

cigarToSpLoc Bio.SamTools.Cigar

CigarType Bio.SamTools.Cigar

close

1 (Function) Bio.SamTools.FaIdx

2 (Function) Bio.SamTools.BamIndex

closeInHandle Bio.SamTools.Bam

closeOutHandle Bio.SamTools.Bam

Del Bio.SamTools.Cigar

fetch Bio.SamTools.FaIdx

fetchLoc Bio.SamTools.FaIdx

filename Bio.SamTools.FaIdx

get1 Bio.SamTools.Bam

HardClip Bio.SamTools.Cigar

Header Bio.SamTools.Bam

HeaderSeq

1 (Type/Class) Bio.SamTools.Bam

2 (Data Constructor) Bio.SamTools.Bam

idxFilename Bio.SamTools.BamIndex

IdxHandle Bio.SamTools.BamIndex

idxHeader Bio.SamTools.BamIndex

InHandle

1 (Type/Class) Bio.SamTools.FaIdx

2 (Type/Class) Bio.SamTools.Bam

inHeader Bio.SamTools.Bam

Ins Bio.SamTools.Cigar

insertSize Bio.SamTools.Bam

isDup Bio.SamTools.Bam

isMateReverse Bio.SamTools.Bam

isMateUnmap Bio.SamTools.Bam

isPaired Bio.SamTools.Bam

isProperPair Bio.SamTools.Bam

isQCFail Bio.SamTools.Bam

isRead1 Bio.SamTools.Bam

isRead2 Bio.SamTools.Bam

isReverse Bio.SamTools.Bam

isSecondary Bio.SamTools.Bam

isUnmap Bio.SamTools.Bam

len Bio.SamTools.Bam

length Bio.SamTools.Cigar

lookupTarget Bio.SamTools.Bam

Match Bio.SamTools.Cigar

matchDesc Bio.SamTools.Bam

matePosition Bio.SamTools.Bam

mateTargetID Bio.SamTools.Bam

mateTargetLen Bio.SamTools.Bam

mateTargetName Bio.SamTools.Bam

name Bio.SamTools.Bam

next Bio.SamTools.BamIndex

nHits Bio.SamTools.Bam

nMismatch Bio.SamTools.Bam

nTargets Bio.SamTools.Bam

open

1 (Function) Bio.SamTools.FaIdx

2 (Function) Bio.SamTools.BamIndex

openBamInFile Bio.SamTools.Bam

openBamOutFile Bio.SamTools.Bam

openTamInFile Bio.SamTools.Bam

openTamInFileWithIndex Bio.SamTools.Bam

openTamOutFile Bio.SamTools.Bam

OutHandle Bio.SamTools.Bam

outHeader Bio.SamTools.Bam

Pad Bio.SamTools.Cigar

position Bio.SamTools.Bam

put1 Bio.SamTools.Bam

Query Bio.SamTools.BamIndex

query Bio.SamTools.BamIndex

queryLength Bio.SamTools.Bam

queryName Bio.SamTools.Bam

queryQual Bio.SamTools.Bam

querySeq Bio.SamTools.Bam

qyHandle Bio.SamTools.BamIndex

readLoc Bio.SamTools.FaIdx

refSeqLoc Bio.SamTools.Bam

RefSkip Bio.SamTools.Cigar

refSpLoc Bio.SamTools.Bam

SoftClip Bio.SamTools.Cigar

targetID Bio.SamTools.Bam

targetLen Bio.SamTools.Bam

targetName Bio.SamTools.Bam

targetSeq Bio.SamTools.Bam

targetSeqLen Bio.SamTools.Bam

targetSeqList Bio.SamTools.Bam

targetSeqName Bio.SamTools.Bam

toCigar Bio.SamTools.Cigar

withBamInFile Bio.SamTools.Bam

withBamOutFile Bio.SamTools.Bam

withFastaIndex Bio.SamTools.FaIdx

withIndex Bio.SamTools.BamIndex

withTamInFile Bio.SamTools.Bam

withTamInFileWithIndex Bio.SamTools.Bam

withTamOutFile Bio.SamTools.Bam