1899年(明治32年) 岡十郎により日本遠洋漁業株式会社が設立され、わが国の近代捕鯨業が始まる。

1908年(明治41年)
12月18日 政府により、捕鯨業界を纏める機関として日本捕鯨水産組合が設立される。

1943年(昭和18年)
3月31日 帝国水産統制株式会社が設立されたことにより、日本捕鯨水産組合は発展的に解消する。

1948年(昭和23年)
1月21日 母船式捕鯨を行う水産会社が中心となり、任意団体の日本捕鯨協会が設立される。

1959年(昭和34年)
12月10日 母船式捕鯨業者と沿岸大型捕鯨業者を纏め、更に財団法人鯨類研究所を包括し財団法人日本捕鯨協会に再編成される。

1976年(昭和51年) 母船式捕鯨業と沿岸大型捕鯨業を併合した日本共同捕鯨株式会社が誕生したことにより、それまで会員である捕鯨会社間の調整役を担っていた財団法人日本捕鯨協会は、当時国際的に高まっていた反捕鯨運動への対策や広報を主な活動として行うようになる。

1988年(昭和63年)
7月31日 1986年(昭和61年)に日本が商業捕鯨モラトリアムの受け入れを決定し、商業捕鯨の一時停止と調査捕鯨が実施されると、財団法人日本捕鯨協会は基本財産を財団法人日本鯨類研究所へ移譲し、解散する。

1988年(昭和63年)
10月18日 日本鯨類研究所の活動を支援し、捕鯨をとりまく諸情勢への対策や、広報活動を通じて捕鯨業の復活と健全なる発展に寄与することを目的に、任意団体の日本捕鯨協会が設立される。

2020年(令和2年)
2月7日 日本が2019年6月で国際捕鯨取締条約から脱退し、同年7月から大型鯨類を対象とした商業捕鯨を再開したことにより、任意団体であった日本捕鯨協会を再び法人化し、捕鯨産業の健全で持続的な発展を図り、わが国の鯨食文化の維持・発展等に貢献するために新たな体制で活動を開始する。