ソフトウェア一覧
分子動力学計算
| Software |
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| GENESIS |
杉田 有治(理化学研究所) |
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| 全原子モデルによる超並列分子動力学計算を行うspdynと、レプリカ交換法などの拡張アンサンブル計算、全原子、粗視化モデル計算を行うatdynの二つのプログラムにより、細胞規模のシミュレーションから、生体内反応の自由エネルギー計算まで幅広い研究に対応します。 |
| MARBLE |
池口 満徳
(横浜市立大学大学院生命医科学研究科) |
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| 原子レベルの分子モデルを用いた分子動力学法による超並列計算を行い、各種構造生物学実験と連携しつつ、溶液中や生体膜中のタンパク質の挙動をシミュレーションします。 |
| SCUBA |
石田 恒(日本原子力研究開発機構) |
| 全原子モデル計算により核酸やタンパク質などの生体高分子を対象にした分子動力学シミュレーションを実行します。 |
| CafeMol |
高田 彰二(京都大学理学研究科) |
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| 原子よりも粗視化された分子モデルを用いた分子動力学法による超並列計算を行い、実験的手法では研究困難な生体高分子のダイナミクスをシミュレーションします。 |
| MP-CAFEE |
藤谷 秀章
(東京大学先端科学技術研究センター) |
| 非平衡統計力学理論に基づく超並列の全原子分子動力学計算をおこない、病気の原因となる標的タンパク質と医薬品候補である低分子化合物との結合自由エネルギーを計算します。 |
| μ2lib |
木寺 詔紀(横浜市立大学・理化学研究所) |
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| タンパク質や核酸、薬剤など生体分子を計算対象とします。反応の時間スケールが遅い(ミリ秒〜秒)ために、通常の分子動力学法では追跡が困難な、生体分子同士の相互作用やこれに伴う立体構造変化過程を、統計力学に基づいた、マルチコピー・マルチスケール分子シミュレーション法を用いて再現します。 |
生体内反応シミュレーション
| Software |
Chief Developer |
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| pSpatiocyte |
高橋 恒一(理化学研究所) |
| 格子ベースのモンテカルロ法を用いて反応拡散方程式を計算し、細胞内のシグナル伝達経路等の生化学反応系をタンパク質一分子レベルかつ細胞スケールでシミュレーションします。 |
脳神経系シミュレーション
| Software |
Chief Developer |
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| 大脳基底核−視床−大脳皮質神経回路モデル |
銅谷 賢治(沖縄科学技術大学院大学) |
| 大脳基底核モデルのパラメーター推定と約10万個のコンダクタンスベースなHodgkin-Huxleyタイプニューロンを用いた皮質大脳基底核ループの大規模シミュレーションを行います。 |
全身筋骨格系シミュレーション
| Software |
Chief Developer |
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| K-BODY |
中村 仁彦(東京大学大学院情報理工学研究科) |
| 詳細な骨格筋モデルとその体積効果を考慮した人の全身筋骨格の動力学計算モデルを構築します。そして、脳神経系からの信号を入力としたシミュレーション、および人の運動計測データからの入力の同定・解析を行います。 |
| Hi-Muscle |
高木 周(東京大学大学院工学系研究科) |
| 運動ニューロンからのシグナルにより筋繊維レベルの収縮を計算し,結果として骨格筋全体の収縮を扱うマルチスケール骨格筋シミュレータです。 |
心臓シミュレーション
| Software |
Chief Developer |
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| UT-HEART |
久田 俊明
(株式会社UT-Heart研究所) |
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| 細胞下の機能タンパクレベルの電気化学・力学現象を再現した心筋細胞モデルを使って心臓を組み上げ、心臓の拍動と血流までを再現します。 |
血栓シミュレーション
| Software |
Chief Developer |
Homepage |
| EX-THROM |
高木 周(東京大学大学院工学系研究科) |
| 血小板表面のGP1baと血管壁およぶ血漿中のフォンウィルブランド因子(vWF)との相互作用を分子レベルの結合を考慮した計算で再現し、その後の血小板の活性化から凝固に向かう複雑な生化学反応を再現します。 |
次世代シークエンサーデータ解析
| Software |
Chief Developer |
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| GHOST-MP |
秋山 泰
(東京工業大学大学院情報理工学研究科) |
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| 与えられた大量の塩基配列の類似配列検索をアミノ質配列データベースに対して行う相同性解析ソフトウェアです。与えられた塩基配列を6リーディング・フレームでアミノ酸配列に変換し、アミノ酸配列データベースから類似する配列を検索することで高感度の検索を実現します。 |
| Genomon |
宮野 悟(東京大学医科学研究所) |
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| がんゲノムのエクソーム、RNAシークエンスデータ、全ゲノムシークエンスデータを解析し、変異/バリエーション(SNV)・コピーナンバーバリエーション(CNV)の推定、融合遺伝子の推定等により、がんのシステム異常をシークエンス、トランスクリプトームレベルで大規模網羅的に明らかにします |
生体分子ネットワーク解析
| Software |
Chief Developer |
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| SiGN-BN |
宮野 悟(東京大学医科学研究所) |
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| ベイジアンネットワーク により、遺伝子発現データから遺伝子間の発現の静的・動的依存関係を表す遺伝子ネットワークを推定します。 |
| SiGN-L1 |
宮野 悟(東京大学医科学研究所) |
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| L1 正則化法により、遺伝子発現データから遺伝子間の発現の静的依存関係を表す遺伝子ネットワークを推定します。また Network Profiler機能では、個人を特徴づける特徴量(モジュレーター)に依存して遺伝子間の発現の依存関係が変化する遺伝子ネットワークを推定します。 |
| SiGN-SSM |
宮野 悟(東京大学医科学研究所) |
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| 状態空間モデルにより、時系列遺伝子発現データから、遺伝子発現モジュール間および個々の遺伝子間の動的依存関係を表すネットワークを推定します。 |
| BENIGN |
松田 秀雄(大阪大学大学院情報科学研究科) |
| 種々の条件下での生体分子の発現データから、各条件下での生体分子間の発現の依存関係を表すネットワークをベイジアンネットワークにより推定し、相互の比較を可能にします。 |
| EEM |
新井田 敦(東京大学) |
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| 遺伝子セット情報に基づいてmRNA発現データ中で共発現している遺伝子群、発現モジュールを抽出します。 |
ISLiMソフトウェア群
「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」(ISLiM)にて開発されたソフトウェアの公開サイト をご覧ください。
その他
| Software |
Chief Developer |
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| GROMACS |
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| 分子動力学計算でタンパク質分子などの動的な挙動を解析しうるとともに、自由エネルギーなどの統計力学量をも求めることができます。 |
| GROMACS-Viewer |
(理化学研究所
HPCI計算生命科学推進プログラム) |
| GROMACS由来の構造ファイルやデータファイルを、トラジェクトリの時系列で同期して可視化します。 |
| R (GNU R) |
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| 統計解析向け言語およびその実行環境で、データ操作や計算、表示のためのソフトウェアスイートです。 |
| Blat OpenMP Patch |
伊東 聰 (東京大学医科学研究所) |
| BlatのOpenMP化パッチです。 |
