バイオテクノロジー

NBRCヒト常在微生物カクテル

近年ヒトの腸内に生息する一部の細菌が肥満やうつ病などと深い関係にあることがわかってきています^{※(注記)1,※(注記)2}。また、がんの治療薬として注目されている免疫チェックポイント阻害薬の薬効も腸内細菌と関連することが示唆されています^※(注記)3。これらのことから、ヒトマイクロバイオーム解析を基にした新たな医薬品や食品等の創出が期待されています。
一方、ヒトマイクロバイオーム解析は、試料の採取・保存、DNA抽出、ライブラリー調製、シーケンス、データ解析と多くの工程からなり、各工程の手法や作業者の違いにより測定結果に偏りが生じてしまいます^※(注記)4。そのため、得られたデータの信頼性や比較互換性が乏しいことが課題となっていました。
NBRCでは、ヒトマイクロバイオーム研究をサポートするために、国産初の「NBRCヒト常在微生物カクテル」を開発し、2022年1月13日より提供を開始しました。
リーフレットはこちら

※(注記)1:Ozato N. et al., npj Biofilms Microbiomes, 5:28 (2019)
※(注記)2:Valles-Colomer M. et al., Nat. Microbiol., 4:623–632 (2019)
※(注記)3:Routy B. et al., Science, 359:91-97 (2018)
※(注記)4:Tourlousse D. M. et al., Microbiome, 9:95 (2021)

NBRCヒト常在微生物カクテルのラインナップ

NBRCヒト常在菌菌体カクテル (Cell-Mock-003)

NBRCヒト常在菌菌体カクテルは、ヒトの腸内、口腔、皮膚などに生息する18種類のNBRC株を純粋培養し、それぞれの細胞数が等量となるよう混合したものです。
DNA抽出効率が異なるグラム陽性/陰性菌を混合しているため、DNA抽出における試薬の検討や一連の実験工程を通したプロトコールの検証などにおすすめです。

データシート^※(注記)5 230502NC(2023.5製造)(2024年3月5日データシート更新)

※(注記)5:データシートでは各ロットにおける検証結果(ショットガンシーケンスを用いた検出割合)や使用例(16S rRNA遺伝子を対象にしたアンプリコンシーケンス解析)の結果を公開しています。

NBRCヒト常在菌DNAカクテル (DNA-Mock-003)

NBRCヒト常在菌DNAカクテルは、ヒトの腸内、口腔、皮膚などに生息する20種類のNBRC株の純粋培養物からゲノムDNAを抽出し、それぞれのゲノムDNAのコピー数が等量となるよう混合したものです。
サイズやGC含量、分類群が異なるゲノムを混合しているため、シーケンスライブラリーの調製方法やデータ解析方法の検証などにおすすめです。

データシート^※(注記)6 240101ND(2024.1製造)(2024年3月5日データシート更新)

※(注記)6:データシートでは各ロットにおける検証結果(ショットガンシーケンスを用いた検出割合)や使用例(16S rRNA遺伝子を対象にしたアンプリコンシーケンス解析)の結果を公開しています。

ページトップへ

NBRCヒト常在微生物カクテルの特徴と含まれる微生物

●くろまる日本人の腸内、口腔内、皮膚などから検出される20種^※(注記)7のNBRC株を使用
●くろまる幅広い分類群をカバーするように混合
●くろまるDNA抽出が困難なグラム陽性菌と抽出が容易な陰性菌をバランス良く混合
●くろまる16S rRNA遺伝子のコピー数、ゲノムサイズ、GC含量が多様
●くろまるカクテル構成株の全ゲノム配列が入手可能
●くろまるカクテル構成株はNBRC株として入手可能

NBRCヒト常在微生物カクテルに含まれる20種類^※(注記)7の微生物
学名	NBRC 番号	グラム染色	ゲノムサイズ(Mbp)	GC含量(%)	16S rRNA コピー数	バイオセーフティレベル
Anaerostipes caccae	114412	陽性	3.3	44.5	4	1
Bifidobacterium longum	114370	陽性	2.6	60.1	5	1
Bifidobacterium longum subsp. longum	114494	陽性	2.5	60.1	4	1
Blautia parvula	113351^T	陽性	6.2	46.7	5	1*
Collinsella aerofaciens	114504	陽性	2.3	60.3	5	1*
Enterocloster clostridioformis	113352	陽性	5.7	48.9	5	1*
Flavonifractor plautii	113805	陽性	4.3	60.3	3	1
Lactobacillus delbrueckii	3202 ^※(注記)8	陽性	1.9	50.1	8	1
Mediterraneibacter gnavus	114413	陽性	3.8	42.5	5	1
Akkermansia muciniphila	114322	陰性	2.8	55.7	3	1
Bacteroides uniformis	113350	陰性	5.0	46.2	4	1*
Escherichia coli	3301	陰性	4.8	50.8	7	1
Megamonas funiformis^※(注記)9	114415	陰性	2.5	31.4	6	1
Megasphaera massiliensis^※(注記)9	114414	陰性	2.6	50.6	7	1
Parabacteroides distasonis	113806	陰性	5.2	45.0	7	1*
Streptococcus mutans	13955^T	陽性	2.0	36.9	5	1*
Cutibacterium acnes subsp. acnes	113869	陽性	2.6	60.0	3	1*
Staphylococcus epidermidis	113846	陽性	2.5	32.1	6	1*
Bacillus subtilis	13719^T	陽性	4.3	43.3	10	1
Pseudomonas putida	14164^T	陰性	6.2	62.3	7	1*

NBRCヒト常在微生物カクテル構成株のゲノム配列情報
学名	NBRC 番号	ゲノム情報アクセッション番号	分離源
Anaerostipes caccae	114412	CP084016	ヒトの糞便
Bifidobacterium longum	114370	CP084012, CP084013	ヒトの糞便
Bifidobacterium longum subsp. longum	114494	CP084020, CP084021, CP084022	ヒトの糞便
Blautia parvula	113351^T	CP084061	ヒトの糞便
Collinsella aerofaciens	114504	CP084004, CP084005, CP084006	ヒトの糞便
Enterocloster clostridioformis	113352	BJLB00000000	ヒトの糞便
Flavonifractor plautii	113805	CP084007	ヒトの糞便
Lactobacillus delbrueckii	3202^※(注記)8	AP019750	不明
Mediterraneibacter gnavus	114413	CP084014, CP084015	ヒトの糞便
Akkermansia muciniphila	114322	CP084201, CP084202	ヒトの糞便
Bacteroides uniformis	113350	AP019724, AP019725, AP019726, AP019727, AP019728	ヒトの糞便
Escherichia coli	3301	CP048439, CP048440	ヒトの糞便
Megamonas funiformis^※(注記)9	114415	CP084018	ヒトの糞便
Megasphaera massiliensis^※(注記)9	114414	CP084019	ヒトの糞便
Parabacteroides distasonis	113806	AP019729	ヒトの糞便
Streptococcus mutans	13955^T	AP019720	う蝕歯
Cutibacterium acnes subsp. acnes	113869	CP084017	ヒトの皮膚(鼻)
Staphylococcus epidermidis	113846	CP084008, CP084009, CP084010, CP084011	ヒトの皮膚(鼻)
Bacillus subtilis	13719^T	AP019714, AP019715	その他
Pseudomonas putida	14164^T	AP013070	その他

※(注記)7:ヒト常在菌菌体カクテル(Cell-Mock-003)では18種類
※(注記)8:本菌株は登録以降から2022年までLactobacillus delbrueckii subsp. delbrueckiiの基準株として公開していましたが、ゲノム解析の結果、L. delbrueckii subsp. lactisまたはL. delbrueckii subsp. jakobseniiに近縁であることが判明したため、当該亜種の基準株指定を外しました。
※(注記)9:ヒト常在菌菌体カクテル(Cell-Mock-003)には含まれていません。

ページトップへ

NBRCヒト常在微生物カクテルの品質確認

製造したNBRCヒト常在微生物カクテルの品質確認は、JMBCから公開されているSOP^{※(注記)10}に準じたDNA抽出・ライブラリー調製・ショットガンシーケンスにより実施し、一定の品質基準を満たすものであることを確認しています。
ショットガンシークエンスによる検証結果
※(注記)10:http://www.jmbc.life/news/images/SOPv1.2.pdf

ページトップへ

アプリケーション例

NBRCヒト常在微生物カクテルは、試料からのDNA 抽出方法、アンプリコンシーケンス解析に用いるプライマーの選定やライブラリー調製試薬等の評価をはじめとしたプロトコールの確認、作業者間の手技の確認や新規作業者のトレーニングなどにお使い頂けます。

NBRCヒト常在菌菌体カクテルの適用範囲

【利用例】
●くろまる菌叢解析におけるコントロール
●くろまる試薬・キットの開発における疑似サンプル
●くろまる事業所・作業者ごとの精度管理用サンプル
●くろまるプロトコール(方法・試薬)の確認
●くろまるSOP(標準手順書)のバリデーション
●くろまる試薬・装置の開発
●くろまる模擬微生物叢
●くろまる作業者の教育訓練

ページトップへ

入手について

現在、提供しているNBRCヒト常在微生物カクテルは以下の2種類です。

製品名

NBRCヒト常在菌菌体カクテル
Cell-Mock-003

NBRCヒト常在菌DNAカクテル
DNA-Mock-003

内容量 500 µL × 1本 30 µL × 1本

手数料
(税込・送料別) 21,340円 34,980円

保存溶媒 15% glycerol in PBS(pH7.4) 10 mM Tris-HCl(pH8.5)

含有量 2x10¹⁰ 細胞/500 µL 1500 ng/30 µL

保存形態凍結(-80°C)^{※(注記)11} 凍結(-80°C)^{※(注記)11}

データシート^{※(注記)12} 230502NC (2023.5製造)
提供中のロット 240101ND (2024.1製造)
提供中のロット

詳細は手数料・消費税率改定のお知らせをご覧ください。

※(注記)11:入手後は-80°Cのフリーザーで、凍結保存を行ってください。
※(注記)12:データシートでは各ロットにおける検証結果(ショットガンシーケンスを用いた検出割合)や使用例(16S rRNA遺伝子を対象にしたアンプリコンシーケンス解析)の結果を公開しています。
・手数料は送料を含みません(送料着払いにて送付します)。
・振込手数料は依頼者様がご負担ください。

入手はこちらから

ページトップへ

NBRCヒト常在微生物カクテルについて

本カクテルは、国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO)の「NEDO先導研究プログラム/新産業創出新技術先導研究プログラム/ヒトマイクロバイオームの産業利用に向けた、解析技術および革新的制御技術の開発」(2018年度〜2020年度)による支援を受け、国立研究開発法人産業技術総合研究所、一般社団法人日本マイクロバイオームコンソーシアム、および国立研究開発法人理化学研究所と共同で開発されました。

ページトップへ

引用について

ヒト常在微生物カクテルを論文等で引用する場合は以下の論文を引用してください。
Tourlousse, D.M., Narita, K., Miura, T. et al. Characterization and demonstration of mock communities as control reagents for accurate human microbiome community measurements. Microbiology Spectrum, 10(2): e01915-21.

ページトップへ