Если вы используете Composer не в корне проекта, то необходимо сконфигурировать директорию для установки модулей.

Например, если файл composer.json находится в директории /local/:

...
"extra": {
 "bitrix-dir": "../bitrix"
},
...

После этого необходимо выполнить команду composer require yngc0der/bitrix-cli, и выполнить регистрацию модуля в Bitrix через админку.

После установки создасться точка входа для консольных команд - bitrix/tools/cli.

Пакет позволяет использовать symfony/console в контексте Bitrix Framework. Создание команд детально описано в документации (https://symfony.com/doc/current/console.html)

Для получения короткой справки и списка доступных команд выполните в консоли php bitrix/tools/cli

Запустить нужную команду можно, выполнив php bitrix/tools/cli command args. Например, php bitrix/tools/cli orm:annotate -c -m main

Для регистрации собственной команды нужно подписаться на событие OnCommandsLoad модуля yngc0der.cli

\Bitrix\Main\EventManager::getInstance()->addEventHandler(
 'yngc0der.cli',
 'OnCommandsLoad',
 function (\Bitrix\Main\Event $event) {
 $result = new \Bitrix\Main\EventResult(
 \Bitrix\Main\EventResult::SUCCESS,
 [
 new \Bitrix\Main\Cli\OrmAnnotateCommand(), // instance of Symfony\Component\Console\Command\Command
 ]
 );
 
 return $result;
 }
);