바닥부터 R과 바이오인포을 시작하여 R과 바이오인포를 마스터 하는 것을 목표로 하는 실습형 스터디입니다.
https://drive.google.com/drive/folders/0B6bSLTlVnagfRy1FRWp4MlJwbWs
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- R 바이오( Bioinformatics in R )
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- Biomedical Data Science : http://genomicsclass.github.io/book/
- R 바이오( Bioinformatics in R )
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- R 고급 + 특강 : 상황에 따라 내용이 많이 변경 될 수 있음.
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- 구글 genomics
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- Spark R : http://spark.apache.org/docs/latest/sparkr.html "Data Algorithms: Recipes for Scaling Up with Hadoop and Spark"책 예제를 Spark R로 변환하기
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- R 고급 + 특강 : 상황에 따라 내용이 많이 변경 될 수 있음.
- 장소: 토즈 신촌 아트레온토즈점 ( http://www.toz.co.kr/branch/main/index.htm?id=6 )
- 매주 화요일, 저녁 7시 30분~10시
- 시작: 2016년07월 26일
| seq. | 날짜 | 내용 | 후기 |
|---|---|---|---|
| 1 | 2016. 7.26 | (R 기초) R컴퓨팅 : R설치 및 실습환경 구축, 제3장 데이터 입력과 출력 (지용기) | |
| (R 중급 ) ISL : 2장 Statistical Learning (김가경) | |||
| (R 바이오) R for Bioinformatics : DNA Sequence Statistics (1) (이승우) | |||
| (R 고급) (구글 genomics) https://cloud.google.com/genomics/install-genomics-tools : How-to Guide : Installing the Cloud SDK and Genomics Commands 발표내용 (이병철) | |||
| 2 | 2016. 8. 2 | (R 기초) R컴퓨팅 : 제4장 데이터 구조(명충민) | |
| (R 중급 ) ISL : 3장 Linear Regression (지용기) | |||
| (R 바이오) R for Bioinformatics : Sequence Databases(양윤주) | |||
| (R 고급) Spark에 대한 소개 및 Spark 실습환경, 간단한 예제 돌려보기(김가경) | |||
| 3 | 2016. 8. 9 | (R 기초) R컴퓨팅 : 제5장 프로그래밍 | |
| (R 중급 ) ISL : 4장 Classification | |||
| (R 바이오) R for Bioinformatics : Sequence Databases | |||
| (R 고급) (구글 genomics) https://cloud.google.com/genomics/v1/analyze-variants : How-to Guide: Analyze Variants Using BigQuery 와 https://cloud.google.com/genomics/v1/load-variants : How-to Guide : Loading Genomic Variants | |||
| 4 | 2016. 8.16 | (R 기초) R컴퓨팅 : 제6장 함수의 생성 | |
| (R 중급 ) ISL : 5장 Resampling Methods | |||
| (R 바이오) R for Bioinformatics : Pairwise Sequence Alignment | |||
| (R 고급) Spark R : http://spark.apache.org/docs/latest/sparkr.html | |||
| http://spark.rstudio.com/index.html |
| seq. | 날짜 | 내용 | 후기 |
|---|---|---|---|
| 1 | 2016. 8.23 | (R 기초) R컴퓨팅 : 제7장 R 데이터 탐색 | |
| (R 중급 ) ISL : 6 Linear Model Selection and Regularization | |||
| (R 바이오) R for Bioinformatics : Multiple Alignment and Phylogenetic trees | |||
| (R 고급) https://cloud.google.com/genomics/gatk : Broad Institute GATK on Google Genomics 와 http://googlegenomics.readthedocs.io/en/latest/use_cases/run_pipelines_in_the_cloud/index.html : | |||
| Docs » Process Data on Google Cloud » Run workflows and common tasks in parallel | |||
| 2 | 2016. 8.30 | (R 기초) R컴퓨팅 : 제8장 R 그래프 | |
| (R 중급 ) ISL : 7 Moving Beyond Linearity | |||
| (R 바이오) R for Bioinformatics : Computational Gene-finding | |||
| (R 고급) (DataAlgorithm) 1장. Secondary Sort을 Spark-R로 구현 | |||
| 3 | 2016. 9. 6 | (R 기초) R컴퓨팅 : 제9장 R 시뮬레이션 | |
| (R 중급 ) ISL : 8 Tree-Based Methods | |||
| (R 바이오) R for Bioinformatics : Comparative Genomics | |||
| (R 고급) (구글 genomics)Docs » Process Data on Google Cloud » Create a Grid Engine cluster on Compute Engine | |||
| 4 | 2016. 9.13 | (R 기초) R컴퓨팅 : 제10장 R 통계모형 | |
| (R 중급 ) ISL : 9 Support Vector Machines | |||
| (R 바이오) R for Bioinformatics : Hidden Markov Models | |||
| (R 고급) (DataAlgorithm) 3장. Top 10 List을 Spark-R로 구현 |
| seq. | 날짜 | 내용 | 후기 |
|---|---|---|---|
| 1 | 2016. 9.20 | (R 기초) 데이터시각화 : 2 장 탐색적 자료분석 | |
| (R 중급 ) ISL : 10 Unsupervised Learning | |||
| (R 바이오) R for Bioinformatics : Protein-Protein Interaction Graphs | |||
| (R 고급) (구글 genomics) http://googlegenomics.readthedocs.io/en/latest/use_cases/setup_gridengine_cluster_on_compute_engine/index.html : Docs » Process Data on Google Cloud » Create a Grid Engine cluster on Compute Engine | |||
| 2 | 2016. 9.27 | (R 기초) 데이터시각화 : 3 장 이변량 데이터의 시각화 | |
| (R 중급 ) R 고급활용 : 제1장 R 데이터 처리 | |||
| (R 바이오) Biomedical Data Science : 0 - Introduction, 1 - Inference CLT in Practice까지 | |||
| (R 고급) (DataAlgorithm) 4장. Left Outer Join을 Spark-R로 구현 | |||
| 3 | 2016.10. 4 | (R 기초) 데이터시각화 : 4 장 시계열의 시각화 | |
| (R 중급 ) R 고급활용 : 제2장 통계계산 | |||
| (R 바이오) Biomedical Data Science : 1 - Inference t-tests in Practice부터 | |||
| (R 고급) (구글 genomics) http://googlegenomics.readthedocs.io/en/latest/use_cases/setup_gridengine_cluster_on_compute_engine/preemptible_vms.html : Docs » Process Data on Google Cloud » Create a Grid Engine cluster with Preemptible VM workers | |||
| 4 | 2016年10月11日 | (R 기초) 데이터시각화 : 5 장 지리적 데이터의 시각화 | |
| (R 중급 ) R 고급활용 : 제3장 통계추론 | |||
| (R 바이오) Biomedical Data Science : 2 ~ 4 - Matrix Algebra | |||
| (R 고급) (DataAlgorithm) 7장. Market Basket Analysis을 Spark-R로 구현 |
| seq. | 날짜 | 내용 | 후기 |
|---|---|---|---|
| 1 | 2016年10月18日 | (R 기초) 데이터시각화 : 6 장 텍스트 데이터의 시각화 - 워드 클라우드 | |
| (R 중급 ) R 고급활용 : 제4장 R 통계 그래픽스 | |||
| (R 바이오) Biomedical Data Science : 5 - Linear Models | |||
| (R 고급) (구글 genomics) http://googlegenomics.readthedocs.io/en/latest/use_cases/run_samtools_over_many_files/index.html : Docs » Process Data on Google Cloud » Run SAMtools to index BAM files in Cloud Storage | |||
| 2 | 2016年10月25日 | (R 기초) 데이터시각화 : 7 장 다변량 데이터의 시각화 | |
| (R 중급 ) R 고급활용 : 제5장 R을 이용한 고급 그래픽 기법 | |||
| (R 바이오) Biomedical Data Science : 6 - Inference for High-Dimensional ,7 - Statistical Modeling | |||
| (R 고급) (DataAlgorithm) 10장. Content-Based Recommendation: Movies을 Spark-R로 구현 | |||
| 3 | 2016.11. 1 | (R 기초) 데이터시각화 : 8 장 웹을 이용한 동적 · 대화형 데이터 시각화 | |
| (R 중급 ) R 고급활용 : 제6장 일반화 선형모형 | |||
| (R 바이오) Biomedical Data Science : 8 - Distance and Dimension Reduction | |||
| (R 고급) (구글 genomics) http://googlegenomics.readthedocs.io/en/latest/use_cases/analyze_reads/index.html : Docs » Analyze Data in Google Genomics » Analyze Reads | |||
| 4 | 2016.11. 8 | (R 중급 ) R 고급활용 : 제7장 분류분석 | |
| (R 바이오) Biomedical Data Science : 9 - Practical Machine Learning | |||
| (R 바이오) Biomedical Data Science : 10 - Batch Effects | |||
| (R 고급) (DataAlgorithm) 11장. Smarter Email Marketing with the Markov Model을 Spark-R로 구현 |