R 语言基础,R 语言数据分析,R 语言大数据
- dplyr:用于数据处理和转换,提供了一组直观且高效的函数,比如对数据进行过滤、排序、组合、汇总等操作,能高效地处理大型数据集。
- tidyr:专注于数据清洗和整理,提供简单易用的函数,用于在整理数据时进行变量的转换、展开和填充等,让数据更易于分析。
- lubridate:是处理日期和时间的包,提供简便的函数用于解析、格式化和操作日期时间数据,方便处理包含时间信息的数据。
- ggplot2:基于 "图层" 的概念,是非常优秀且受欢迎的数据可视化包,能够轻松创建各种类型的高质量图形,如散点图、柱状图、折线图等,并且图形美观、绘图简便,还精心挑选了一系列预设图形,采用图层叠加的绘图方式,可先绘制原始数据,再不断添加图形注释和统计汇总结果。
- ggvis:为 R 语言提供强大而灵活的数据可视化工具,其交互式特性使用户可以更加直观地与数据进行互动,从而发现更多信息和洞察。
- ggiraphextra:是绘制可交互 ggplot2 图像的包,扩展了 ggplot2 和 ggiraph 两个包的数据可视化方式,增强了可交互图像的能力,提供直接可视化可交互箱线图、甜甜圈图等图像的函数。
- ggally:通过添加几个函数来扩展 ggplot2,将数据可视化变得更加简单,在数据转换方面更加简便,通常用于可视化矩阵散点图、平行坐标图、社交网络图等。
- ggchernoff:为 ggplot2 引入了 geom_chernoff() 函数,该函数功能和 geom_point() 类似,只是绘制时利用一些表情符号 (比如笑脸等) 来代替点。
- ggtimeseries:提供了一些新颖的时间序列数据可视化功能,能在 ggplot2 包的基础上绘制出更让人感兴趣的时间序列图像,如日历图、蒸汽图等。
- treemapify:是基于 ggplot2 包对树图 (主要是矩形树图) 进行可视化的包。
- ggridges:基于 ggplot2 包专门用于可视化脊线图。脊线图是部分重叠的线图,可产生山脉的形象,对可视化时间或空间分布的变化非常有效。
- gganimate:可以将 ggplot2 包的可视化图像转化成动画,动画图像不仅具有视觉上的冲击力,而且能够传递更多信息,可以对数据进行宏观分析。
- pheatmap:用于可视化静态的热力图,使用该包可视化静态热力图时,可以通过相关参数确定是否对数据进行聚类,从而获得聚类热力图,还可通过调整图形参数呈现不同的可视化结果。
- wordcloud 和 wordcloud2:是用于可视化词云的包,其中 wordcloud 是静态可视化词云包,wordcloud2 是动态可视化词云包,词云图能够针对文本的出现次数进行可视化分析,充分吸引人们的注意力。
- Bioconductor:是一个专门为生物数据分析设计的 R 包集合,提供了许多用于基因表达分析、蛋白质分析、代谢物分析等的工具,拥有活跃的用户社区且会定期更新,还有丰富的学习资源。
- DESeq2:用于差异表达分析,特别适用于转录组测序数据,能够识别在不同条件下表达差异显著的基因。
- pheatmap:主要用于绘制热图,可以将基因表达数据以颜色深浅的形式直观地展示出来,有助于快速观察数据的分布和差异。
- limma:可用于线性模型分析,在基因表达数据的差异表达分析方面应用广泛。
- phyloseq:用于分析微生物组数据,提供了丰富的功能,如菌落图绘制、多元分析、聚类分析等,能方便地进行微生物组数据的探索性分析和统计学分析。