说明:$后为命令,其他的为输出或说明。
ssh登录服务器172.28.215.241,用户名:ngs
加载环境变量
$ module add bioinfo
对于计算量较大的任务,请不要在登录节点上直接运行,用qsub提交任务
掌握以下常用的Linux命令:
| ls | cd | mv | rm | pwd | top |
| ps | grep | kill | file | tar | cat |
| less | more | chmod | chown | vim (vi) | time |
| cp | scp | ln | mkdir | wget | git |
| find | export | source | mount | head | tail |
使用集群
尽量不要在登录节点(管理节点)上运行大型程序,ssh到其他计算节点上之后再运行其他程序。登录到172.28.215.241管理节点后,ssh 计算节点名,计算节点名可以是c2, c3, c4, c5, c6 (目前有问题), c8
推荐使用SGE作业管理系统提交任务,先将任务脚本存放在一个文件中,然后用qsub提交任务,下面是一个简单的任务work.sh, 任务的脚本文件work.sh中包含以下内容:
#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash
#$ -N JobName
#$ -j y
#$ -cwd
sleep 60
用qsub提交任务,qstat查看任务运行情况
$ qsub work.sh
$ qstat
job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
44 0.55500 trinity ngs r 11/17/2016 21:58:30 all.q@c8 1
45 0.55500 JobName ngs r 11/18/2016 15:00:00 all.q@c2 1