Added multilayer hypergraph - #75

感谢你的贡献!多层超图是社区非常需要的功能(#69, #71 都在讨论),非常欢迎这个 PR。但在合入前,有几个问题需要修复:

🔴 Bug — 需要修复

1. node_sum_before 列表累积污染

self.node_sum_before 在 construct_multi_layer_hypergraph()、_inter_layer_connect()、node_layer_list() 三个方法中都被 append。如果对同一个实例调用多个方法,列表会不断增长,导致偏移量计算错误。

建议:不要把 node_sum_before 作为可变实例状态,改为每次计算时使用局部变量:

def _compute_offsets(self):
 layer_num_v = [layer.num_v for layer in self.layers_list]
 return [sum(layer_num_v[:i]) for i in range(self.num_layers)]

2. construct_multi_layer_hypergraph 返回新的 MultilayerHypergraph

返回的新实例本身又需要调用 construct_multi_layer_hypergraph(),形成递归调用。建议:直接在当前实例上构建,或返回一个普通的 Hypergraph。

3. temp 列表推导式逻辑可能有误

temp = [self.node_layer[i][j] for i in range(num_layers) for j in range(num_layers) if i == j]

这只取了对角线元素 [node_layer[0][0], node_layer[1][1], ...]。如果意图是获取每层选中的节点列表,请确认逻辑是否正确。

4. load_interlayer_mapping 的 save 逻辑

在 isinstance(path, list) 分支中,连续两次 open(save_path, 'w') —— 第二次会覆盖第一次的内容。此外 gene_info 只在首次遇到 gene 时赋值,后续不更新。

5. 测试文件无法通过

• test_construct_multilayer_hypergraph 把 fixture g1/g2 当函数调用(g1())→ 会抛 TypeError,fixture 不需要加括号
• test_draw 引用了不存在的 fixture mhg
• test_save 和 test_adjacency_matrix 测的是普通 Hypergraph,与多层超图无关,疑似从其他测试文件复制

🟡 代码质量 — 建议改进

整体来说功能方向很好,期待修改后的版本。如果需要帮助实现其中某些部分,欢迎讨论。