This code can read dose data, mask and image from DICOM files.
pip install -r requirements.txt
python dicom_parser.py -i <intput_dir> -o <output_dir default=input_dir>
<output_dir>
└─data
├─dose
│ └─dose.pkl ----- 3D Dose data
├─image ----- Image directory
│ ├─0.png
│ ├─1.png
│ ├─2.png
│ ├─...
│ └─image.pkl ----- 3D image
└─mask ----- Mask directory
├─1
│ ├─0-1.png
│ ├─1-1.png
│ ├─2-1.png
│ ├─...
│ └─1.pkl ----- 3D mask (label 1)
├─2
│ ├─0-2.png
│ ├─1-2.png
│ ├─2-2.png
│ ├─...
│ └─2.pkl ----- 3D mask (label 2)
├─...
...
This repository heavily borrows from「bastula/dicompyler」.