R-CMD-check codecov CRAN version CRAN RStudio mirror downloads

The pollen package is a set of functions for working with aerobiological data. It takes care of some of the most widely use aerobiological calculations, including determination of pollen season limits, replacement of outliers (Kasprzyk and Walanus (2014)), and calculation of growing degree days (Baskerville and Emin (1969)).

Get the released version from CRAN:

install.packages("pollen")

Or the development version from github:

remotes::install_github("nowosad/pollen")

library(pollen)

data("pollen_count")
head(pollen_count)
#> site date alder birch hazel
#> 1 Oz 2007年01月01日 0 0 0
#> 2 Oz 2007年01月02日 0 0 0
#> 3 Oz 2007年01月03日 0 0 0
#> 4 Oz 2007年01月04日 0 0 0
#> 5 Oz 2007年01月05日 0 0 0
#> 6 Oz 2007年01月06日 0 0 0

df <- subset(pollen_count, site == "Oz")
pollen_season(value = df$birch, date = df$date, method = "95")
#> year start end
#> 1 2007 2007年03月31日 2007年05月03日
#> 2 2008 2008年04月19日 2008年05月07日
#> 3 2009 2009年04月09日 2009年05月09日
#> 4 2010 2010年04月14日 2010年05月07日
#> 5 2011 2011年04月20日 2011年05月17日
#> 6 2012 2012年04月09日 2012年05月14日
#> 7 2013 2013年04月09日 2013年05月09日
#> 8 2014 2014年04月08日 2014年05月10日
#> 9 2015 2015年04月08日 2015年04月30日
#> 10 2016 2016年04月06日 2016年05月09日

More examples of pollen seasons’ calculations can be found in the first package vignette.

Examples of Growing degree days (GDD) calculations can be found in the second package vignette.

To cite the pollen package in publications, please use:

Nowosad, Jakub (2019). pollen: Analysis of Aerobiological Data. R package version 0.71.0. https://github.com/Nowosad/pollen

LaTeX/BibTeX version can be obtained with:

library(pollen)
citation("pollen")

Feel free to submit issues and enhancement requests.

• Baskerville, G., & Emin, P.: 1969. Rapid Estimation of Heat Accumulation from Maximum and Minimum Temperatures. Ecology, 50(3), 514-517. https://doi.org/10.2307/1933912
• Kasprzyk, I. and A. Walanus.: 2014. Gamma, Gaussian and Logistic Distribution Models for Airborne Pollen Grains and Fungal Spore Season Dynamics, Aerobiologia 30(4), 369-83.