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1 生成 RSA 密钥
2 获取 RSA 公钥内容,并配置到 SSH公钥
在 Gitee 上使用 SVN,请访问 使用指南
使用 HTTPS 协议时,命令行会出现如下账号密码验证步骤。基于安全考虑,Gitee 建议 配置并使用私人令牌 替代登录密码进行克隆、推送等操作
Username for 'https://gitee.com': userName
Password for 'https://userName@gitee.com': # 私人令牌
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天高云淡 提交于 2024年01月08日 21:29 +08:00 . 初始化
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import pandas as pd
import numpy as np
import itertools
import time
import re
from scipy.stats import norm
import matplotlib.pyplot as plt
def cal_conf_matrix(labels, preds):
"""
计算混淆矩阵。
参数说明:
labels:样本标签 (真实结果)
preds:预测结果
"""
n_sample = len(labels)
result = pd.DataFrame(index=range(0,n_sample),columns=('probability','label'))
result['label'] = np.array(labels)
result['probability'] = np.array(preds)
cm = np.arange(4).reshape(2,2)
cm[0,0] = len(result[result['label']==1][result['probability']>=0.5]) # TP,注意这里是以 0.5 为阈值
cm[0,1] = len(result[result['label']==1][result['probability']<0.5]) # FN
cm[1,0] = len(result[result['label']==0][result['probability']>=0.5]) # FP
cm[1,1] = len(result[result['label']==0][result['probability']<0.5]) # TN
return cm
def cal_PRF1(labels, preds):
"""
计算查准率P,查全率R,F1值。
"""
cm = cal_conf_matrix(labels, preds)
P = cm[0,0]/(cm[0,0]+cm[1,0])
R = cm[0,0]/(cm[0,0]+cm[0,1])
F1 = 2*P*R/(P+R)
return P, R, F1
def cal_PRcurve(labels, preds):
"""
计算PR曲线上的值。
"""
n_sample = len(labels)
result = pd.DataFrame(index=range(0,n_sample),columns=('probability','label'))
y_pred[y_pred>=0.5] = 1
y_pred[y_pred<0.5] = 0
result['label'] = np.array(labels)
result['probability'] = np.array(preds)
result.sort_values('probability',inplace=True,ascending=False)
PandR = pd.DataFrame(index=range(len(labels)),columns=('P','R'))
for j in range(len(result)):
# 以每一个概率为分类的阈值,统计此时正例和反例的数量
result_j = result.head(n=j+1)
P = len(result_j[result_j['label']==1])/float(len(result_j)) # 当前实际为正的数量/当前预测为正的数量
R = len(result_j[result_j['label']==1])/float(len(result[result['label']==1])) # 当前真正例的数量/实际为正的数量
PandR.iloc[j] = [P,R]
return PandR
def cal_ROCcurve(labels, preds):
"""
计算ROC曲线上的值。
"""
n_sample = len(labels)
result = pd.DataFrame(index=range(0,n_sample),columns=('probability','label'))
y_pred[y_pred>=0.5] = 1
y_pred[y_pred<0.5] = 0
result['label'] = np.array(labels)
result['probability'] = np.array(preds)
# 计算 TPR,FPR
result.sort_values('probability',inplace=True,ascending=False)
TPRandFPR=pd.DataFrame(index=range(len(result)),columns=('TPR','FPR'))
for j in range(len(result)):
# 以每一个概率为分类的阈值,统计此时正例和反例的数量
result_j=result.head(n=j+1)
TPR=len(result_j[result_j['label']==1])/float(len(result[result['label']==1])) # 当前真正例的数量/实际为正的数量
FPR=len(result_j[result_j['label']==0])/float(len(result[result['label']==0])) # 当前假正例的数量/实际为负的数量
TPRandFPR.iloc[j]=[TPR,FPR]
return TPRandFPR
def timeit(func):
"""
装饰器,计算函数执行时间
"""
def wrapper(*args, **kwargs):
time_start = time.time()
result = func(*args, **kwargs)
time_end = time.time()
exec_time = time_end - time_start
print("{function} exec time: {time}s".format(function=func.__name__,time=exec_time))
return result
return wrapper
@timeit
def area_auc(labels, preds):
"""
AUC值的梯度法计算
"""
TPRandFPR = cal_ROCcurve(labels, preds)
# 计算AUC,计算小矩形的面积之和
auc = 0.
prev_x = 0
for x, y in zip(TPRandFPR.FPR,TPRandFPR.TPR):
if x != prev_x:
auc += (x - prev_x) * y
prev_x = x
return auc
@timeit
def naive_auc(labels, preds):
"""
AUC值的概率法计算
"""
n_pos = sum(labels)
n_neg = len(labels) - n_pos
total_pair = n_pos * n_neg # 总的正负样本对的数目
labels_preds = zip(labels, preds)
labels_preds = sorted(labels_preds,key=lambda x:x[1]) # 对预测概率升序排序
count_neg = 0 # 统计负样本出现的个数
satisfied_pair = 0 # 统计满足条件的样本对的个数
for i in range(len(labels_preds)):
if labels_preds[i][0] == 1:
satisfied_pair += count_neg # 表明在这个正样本下,有哪些负样本满足条件
else:
count_neg += 1
return satisfied_pair / float(total_pair)
#####----Bayesian Hyperparameter Optimization----####
class KernelBase(ABC):
def __init__(self):
super().__init__()
self.params = {}
self.hyperparams = {}
@abstractmethod
def _kernel(self, X, Y):
raise NotImplementedError
def __call__(self, X, Y=None):
return self._kernel(X, Y)
def __str__(self):
P, H = self.params, self.hyperparams
p_str = ", ".join(["{}={}".format(k, v) for k, v in P.items()])
return "{}({})".format(H["op"], p_str)
def summary(self):
return {
"op": self.hyperparams["op"],
"params": self.params,
"hyperparams": self.hyperparams,
}
class RBFKernel(KernelBase):
def __init__(self, sigma=None):
"""
RBF 核。
"""
super().__init__()
self.hyperparams = {"op": "RBFKernel"}
self.params = {"sigma": sigma} # 如果 sigma 未赋值则默认为 np.sqrt(n_features/2),n_features 为特征数。
def _kernel(self, X, Y=None):
"""
对 X 和 Y 的行的每一对计算 RBF 核。如果 Y 为空,则 Y=X。
参数说明:
X:输入数组,为 (n_samples, n_features)
Y:输入数组,为 (m_samples, n_features)
"""
X = X.reshape(-1, 1) if X.ndim == 1 else X
Y = X if Y is None else Y
Y = Y.reshape(-1, 1) if Y.ndim == 1 else Y
assert X.ndim == 2 and Y.ndim == 2, "X and Y must have 2 dimensions"
sigma = np.sqrt(X.shape[1] / 2) if self.params["sigma"] is None else self.params["sigma"]
X, Y = X / sigma, Y / sigma
D = -2 * X @ Y.T + np.sum(Y**2, axis=1) + np.sum(X**2, axis=1)[:, np.newaxis]
D[D < 0] = 0
return np.exp(-0.5 * D)
class KernelInitializer(object):
def __init__(self, param=None):
self.param = param
def __call__(self):
r = r"([a-zA-Z0-9]*)=([^,)]*)"
kr_str = self.param.lower()
kwargs = dict([(i, eval(j)) for (i, j) in re.findall(r, self.param)])
if "rbf" in kr_str:
kernel = RBFKernel(**kwargs)
else:
raise NotImplementedError("{}".format(kr_str))
return kernel
class GPRegression:
"""
高斯过程回归
"""
def __init__(self, kernel="RBFKernel", sigma=1e-10):
self.kernel = KernelInitializer(kernel)()
self.params = {"GP_mean": None, "GP_cov": None, "X": None}
self.hyperparams = {"kernel": str(self.kernel), "sigma": sigma}
def fit(self, X, y):
"""
用已有的样本集合得到 GP 先验。
参数说明:
X:输入数组,为 (n_samples, n_features)
y:输入数组 X 的目标值,为 (n_samples)
"""
mu = np.zeros(X.shape[0])
Cov = self.kernel(X, X)
self.params["X"] = X
self.params["y"] = y
self.params["GP_cov"] = Cov
self.params["GP_mean"] = mu
def predict(self, X_star, conf_interval=0.95):
"""
对新的样本 X 进行预测。
参数说明:
X_star:输入数组,为 (n_samples, n_features)
conf_interval:置信区间,浮点型 (0, 1),default=0.95
"""
X = self.params["X"]
y = self.params["y"]
K = self.params["GP_cov"]
sigma = self.hyperparams["sigma"]
K_star = self.kernel(X_star, X)
K_star_star = self.kernel(X_star, X_star)
sig = np.eye(K.shape[0]) * sigma
K_y_inv = np.linalg.pinv(K + sig)
mean = K_star @ K_y_inv @ y
cov = K_star_star - K_star @ K_y_inv @ K_star.T
percentile = norm.ppf(conf_interval)
conf = percentile * np.sqrt(np.diag(cov))
return mean, conf, cov
class BayesianOptimization:
def __init__(self):
self.model = GPRegression()
def acquisition_function(self, Xsamples):
mu, _, cov = self.model.predict(Xsamples)
mu = mu if mu.ndim==1 else (mu.T)[0]
ysample = np.random.multivariate_normal(mu, cov)
return ysample
def opt_acquisition(self, X, n_samples=20):
# 样本搜索策略,一般方法有随机搜索、基于网格的搜索,或局部搜索
# 我们这里就用简单的随机搜索,这里也可以定义样本的范围
Xsamples = np.random.randint(low=1,high=50,size=n_samples*X.shape[1])
Xsamples = Xsamples.reshape(n_samples, X.shape[1])
# 计算采集函数的值并取最大的值
scores = self.acquisition_function(Xsamples)
ix = np.argmax(scores)
return Xsamples[ix, 0]
def fit(self, f, X, y):
# 拟合 GPR 模型
self.model.fit(X, y)
# 优化过程
for i in range(15):
x_star = self.opt_acquisition(X) # 下一个采样点
y_star = f(x_star)
mean, conf, cov = self.model.predict(np.array([[x_star]]))
# 添加当前数据到数据集合
X = np.vstack((X, [[x_star]]))
y = np.vstack((y, [[y_star]]))
# 更新 GPR 模型
self.model.fit(X, y)
ix = np.argmax(y)
print('Best Result: x=%.3f, y=%.3f' % (X[ix], y[ix]))
return X[ix], y[ix]
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