Nexus (format de fichier)
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modifier - modifier le code - modifier Wikidata Documentation du modèle
Le format de fichier extensible Nexus est largement utilisé en bio-informatique.
Utilisation
[modifier | modifier le code ]Les fichiers Nexus stockent des informations concernant les taxons, les caractères morphologiques et moléculaires, les distances, les codes génétiques, les estimations, arbres, etc.[1] .
Plusieurs programmes phylogénétiques populaires comme PAUP* [note 1] [2] , MrBayes[3] , Mesquite[4] , MacClade[5] et SplitsTree [6] utilisent ce format. C'est aussi le cas des analyses de délimitation par Poisson Tree Process (arbres produits selon des lois de Poisson)[7] .
Syntaxe
[modifier | modifier le code ]Un fichier NEXUS est constitué d'un en-tête fixe #NEXUS suivi de multiples blocs. Chaque bloc commence par BEGIN block_name; et se finit par END;. Les mots-clés sont insensibles à la casse. Les commentaires sont mis entre crochets [...][8] .
Il y a quelques noms de blocs prédéfinis pour les types de data les plus communs. Par exemple[8] :
| Bloc | Contenu |
|---|---|
| TAXA block | Informations concernant les taxons. |
| DATA block | Matrices de data (exemple : alignement de séquence). |
| TREES block | Arbres phylogénétiques décrits en utilisant le format Newick, en général ((A,B),C);: |
Les exemples suivants utilisent les trois types de blocs ci-dessus :
#NEXUS Begin TAXA; Dimensions ntax=4; TaxLabels SpaceDog SpaceCat SpaceOrc SpaceElf End; Begin data; Dimensions nchar=15; Format datatype=dna missing=? gap=- matchchar=.; Matrix [ Quand une position est un "matchchar", ça veut dire qu'elle est similaire que la première entrée à la même position. ] SpaceDog atgctagctagctcg SpaceCat ......??...-.a. SpaceOrc ...t.......-.g. [ pareil que atgttagctag-tgg ] SpaceElf ...t.......-.a. ; End; BEGIN TREES; Tree tree1 = (((SpaceDog,SpaceCat),SpaceOrc,SpaceElf); END;
Notes
[modifier | modifier le code ]- (en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé «Nexus file» (voir la liste des auteurs).
- ↑ Phylogenetic Analysis Using Parsimony *and other methods
Références
[modifier | modifier le code ]- ↑ Maddison et Swofford Maddison, p. 590–621.
- ↑ « Sunderland PAUP* », sur PAUP, Sinauer Associates, (version du sur archive.org)
- ↑ MrBayes
- ↑ Mesquite: A modular system for evolutionary analysis
- ↑ MacClade
- ↑ Huson et Bryant 2005, p. 254-267.
- ↑ (en) « bPTP server: a Bayesian implementation of the PTP model for species delimitation » (consulté le )
- 1 2 Detailed NEXUS specification
Bibliographie
[modifier | modifier le code ]- (en) Daniel H. Huson et David Bryant, «Application of Phylogenetic Networks in Evolutionary Studies», Molecular Biology Evolution, vol.XXIII, no2, , p.254-267 (DOI https://doi.org/10.1093/molbev/msj030 )
- (en) Maddison, D.R., Swofford, D.L. et Maddison, W.P., «NEXUS: An extensible file format for systematic information», Systematic Biology, vol.46, no4, , p.590–621 (PMID 11975335 , DOI 10.1093/sysbio/46.4.590 )
Liens externes
[modifier | modifier le code ]- NEXUS file format — explications détaillées avec exemples
- NEXUS format — une bonne description du format et son utilisation sur le terrain
- Convertisseur de Nexus vers phyloXML
- NeXML
- Convertisseur de Nexus vers Fasta