データ説明 |
| info データ名 | QTL情報 |
| info DOI | 10.18908/lsdba.nbdc01234-001 |
| info データ内容の説明 | 代表的QTL情報です。代表的QTLは、463件の論文に由来する1051件のQTL情報から構成されています(2008年3月31日現在)。 |
| info データファイル |
データファイル名: qtaro_sjis.zip (Shift JIS)
データファイル名: qtaro_utf8.zip (UTF-8)
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| info 簡易検索URL | http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/qtaro |
| info データ取得方法 | 下記文献検索サイトで得たイネのQTL研究に関する論文1214件から、5096件のイネQTL情報を得ました。
・PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez)
・HighWire (http://highwire.stanford.edu/)
・Jstage (http://www.jstage.jst.go.jp/browse/-char/ja)
・the Rice Genetics Newsletter (http://www.gramene.org/newsletters/rice_genetics/). |
| info 解析方法 | ×ばつ環境間相互作用のQTLは排除しました。さらに染色体上の同一カ所に検出されたQTLを整理し、QTL物理位置の同じ形質名を持ち同じインターバルに検出されたQTLを統一することによって、冗長性の少ない代表的QTL情報を得ました。 |
| info データ件数 | 1,051 件 |
データ詳細 |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| id |
QTLのID番号 |
| QTL/Gene |
QTLの名称 |
| Major category |
量的形質の主要カテゴリ |
| Category of object character |
形質のカテゴリ |
| Character |
形質 |
| Marker |
マーカーの種別 |
| No. of marker for position determination |
位置決定に用いたマーカーの数 |
| Chr |
染色体の番号 |
| Genome start |
ゲノム上のQTLの開始位置 |
| Genome end |
ゲノム上のQTLの終了位置 |
| Mapping method |
マッピング方法 |
| Population |
植物の母集団 |
| No. of plants |
植物の数 |
| LOD |
ロッドスコア |
| Parent A |
親品種A |
| Parent B |
親品種B |
| Direction (Parent) |
方向 |
| a) Physical |
物理マッピングのマーカー |
| b) Fine1; interval |
微細マッピングの隣接マーカーA |
| b) Fine2; interval |
微細マッピングの隣接マーカーB |
| b) Fine3; co-segregated |
微細マッピングの近接マーカー |
| c) Interval1; interval |
区間マッピングの隣接マーカーA |
| c) Interval2; interval |
区間マッピングの隣接マーカーB |
| c) Interval3; co-segregated |
区間マッピングの近接マーカー |
| d) Co-segregated |
近接マーカー |
| Explained variance |
説明分散 |
| Additive effect |
相加効果 |
| Year |
由来する文献の年次 |
| Reference source |
文献検索方法
以下の3種の方法で検索している。
・Jsa (Jstage)
・Pha (PubMed, HighWire)
・RGN (Rice Genetics Newsletter) |
| Reference no. |
由来する文献情報の整理番号 (Reference sourceごとに1から振った値) |
| Reference |
書誌 |
| Reference location |
文献のURL |
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