データ説明 | |||||||||||||||||||||||
| info データ名 | アレル頻度データ | ||||||||||||||||||||||
| info DOI | 10.18908/lsdba.nbdc00042-001 | ||||||||||||||||||||||
| info データ内容の説明 | プールしたDNAを定量的蛍光PCR-SSCP解析して得られた、日本人及び西欧人でのSNPアレル頻度 | ||||||||||||||||||||||
| info データファイル | データファイル名: dbqsnp_frequency.zip ファイルサイズ: 159 KB | ||||||||||||||||||||||
| info 簡易検索URL | http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dbqsnp_frequency | ||||||||||||||||||||||
| info データ取得方法 | 日本人8人について、DBTSSに記載された遺伝子転写開始点周辺(上流1 kb、下流0.2 kb)の配列をサンガー法でシークエンス解析し、SNPを同定した。次にそのSNPを含む短断片についてプールDNA-蛍光PCR-SSCP法(ABI3100シークエンサーを利用、Kukita et al. 2002, Baba et al. 2003)を行い、該当するSNPの日本人集団および西洋人集団におけるアレル頻度を決定した(Tahira et al. 2005)。このほかに、全身性エリテマトーデスに関連する候補SNPを症例および対照のプールDNAで解析した結果(Miyagawa et al. 2008 および坂口ら、日本分子生物学会 2005)、乳がんに関連する候補SNPを症例および対照のプールDNAで解析した結果(宮城ら、日本癌学会学術総会 2004)を含む。 | ||||||||||||||||||||||
| info 解析方法 | 蛍光PCR-SSCP法におけるデータ解析はdbQSNPデータ解析システムに組み込んだQUISCAにより行った(Higasa et al. 2002; Sasaki et al. 2001; Tahira et al. 2005)。またプールDNAを用いたSNPアレル頻度の計算は、プールサンプルの各アレルのピーク高をヘテロサンプルのピーク高で補正する方法により行った(Sasaki et al. 2001)。ここで解析したSNPは順次NCBIのdbSNPに登録した(ハンドル名:KYUGEN)。それにより、refSNPのIDが付与されたので、その情報を加えた(dbSNP Build 128)。また、GenBank contig (NT sequence)の配列(NCBI Build 36)と比較した。 | ||||||||||||||||||||||
| info データ件数 | 16,503 件 | ||||||||||||||||||||||
データ詳細 | |||||||||||||||||||||||
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