データ説明 |
| info データ名 | cDNA |
| info DOI | 10.18908/lsdba.nbdc00371-002 |
| info データ内容の説明 | 遺伝子座に含まれるcDNA |
| info データファイル |
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| info 簡易検索URL | http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/astra_cdna |
| info データ取得方法 | イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所 分子遺伝部 遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp://cdna01.dna.affrc.go.jp/pub/data/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。
ヒト、マウス、ハエ、アラビドプシスのゲノム配列はNCBI(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/)から取得した。線虫のゲノム配列とイネのドラフトコンティグはサンガーセンター(ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/) とTIGR研究所 (ftp://ftp.tigr.org/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotaion_dbs/pseudomolecules/version_3.0/)から取得した。 |
| info 解析方法 | 完全長cDNA-ゲノム配列のMEGABLASTマッピング後、エキソン-イントロン構造を1と0にビット変換してスプライシングパターンを検出、タイプ分類。遺伝子名はcDNAのアノテーションを元に特定。 |
| info データ件数 | 84,438 件 |
データ詳細 |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| cDNA ID |
データベース固有のcDNA ID |
| Locus ID |
データベース固有のlocus ID |
| Species |
生物種 |
| Chr. No. |
染色体番号 |
| Strand |
鎖 |
| Gene name |
遺伝子名 |
| UniGene ID |
UniGene ID |
| cDNA UniGene ID |
cDNAのUniGene ID |
| Genbank accession |
Genbank アクセション番号 |
| GI |
Genbank ID |
| CDS left |
cDNAにおけるコーディング領域の位置(左) |
| CDS right |
cDNAにおけるコーディング領域の位置(右) |
| Splicing pattern |
スプラシングパターン (遺伝子モデル) |
| cDNA sequence length |
cDNA 配列長 |
| DOU start |
未成熟(擬似)開始コドンである(true)か否(false)か |
| DOU end |
未成熟(擬似)終止コドンである(true)か否(false)か |
| NMD |
ナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)が発生し得る(true)か否か(false) |
| Number of exons |
cDNA中のエクソンの数 |
| Number of splicing regions |
遺伝子中の選択的スプライシング/転写開始領域の数 |
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