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Fork
You've already forked wikipathways-collection
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No description
  • Java 58.7%
  • Makefile 22.4%
  • Groovy 12%
  • JavaScript 6.9%
2026年07月09日 20:27:29 +02:00
.github/workflows Updated the cache GH action 2026年03月12日 07:08:21 +01:00
generate-references Fix multiline references 2021年11月28日 17:04:47 +01:00
pmid New validation results 2025年12月07日 06:50:49 +01:00
reports New validation results 2026年07月09日 15:57:15 +02:00
src/java/main/org/wikipathways/curator Updated image URL 2026年06月07日 15:07:02 +02:00
.gitignore Ignore some more autogenerated stuff 2026年07月01日 18:22:10 +02:00
extractTests.groovy Updated the list of tests (3 new) and sorted them 2022年08月12日 09:31:33 +02:00
index2.md New validation results 2026年07月09日 20:27:29 +02:00
index3.md New validation results 2026年07月08日 09:31:32 +02:00
Makefile Updated to just compare the file timestamps 2026年07月01日 18:21:40 +02:00
pathways.json Updated analysis collection 2022年12月23日 09:07:49 +01:00
pathways.txt New curation report 2026年06月23日 21:54:06 +02:00
README.md Simplified Makefile, now the instructions 2026年07月08日 09:31:48 +02:00
summarizeFails.groovy Better links 2024年03月10日 21:47:49 +01:00
tests.txt Updated tests 2026年02月08日 12:46:19 +01:00
typeStats.rq More new RDF results 2023年12月03日 14:10:53 +01:00
website.txt Added the website 2024年11月14日 22:21:49 +01:00

WikiPathways Pathway Validation Reports

The WikiPathways Pathway validations report are found in this repository. We currently have the following indexes:

Report generation

Some scripts to create a list of pathways.

Depedencies

The following tools are needed:

  • make
  • curl
  • jq
  • xpath (Debian: libxml-xpath-perl)

Setting up BridgeDb

Create a folder /tmp/OPSBRIDGEDB where you create a config.properties file. To download the BridgeDb identifier mapping files, download them from here and save them in the /path/to/where/the/bridge/files/are folder, mathching what you entered in the config.properties file above with the bridgefiles= parameter. You also want to download the identifier mapping database for coronavirus genes and proteins.

How to run

nice -20 make -j 12 all