Wann genau man begann, St. Marien zu bauen, ist nicht bekannt. Erstmals erwähnt wird die Kirche gemeinsam mit St. Nikolai und St. Jacobi auf einer Urkunde aus dem Jahr 1280. Es herrscht zu dieser Zeit ein regelrechtes Baufieber. Zeitgleich entstehen in Greifswald und in der Umgebung große Kirchen. Sie zeugen von der Stärke und dem Selbstbewusstsein der Städte.
um 1200
Greifswald ist eine Kolonistensiedlung des Klosters "Hilda" (Eldena).
1248
Greifswald wird als Stadt bezeichnet und erhält das Lübische Stadtrecht.
1264
Herzogliche Erlaubnis zum Bau einer massiven Stadtbefestigung, Beginn des Steinbaues in der Greifswalder Altstadt
1280
Erstmalige urkundliche Erwähnung der drei Stadtkirchen: St.Marien, St.Nikolai, St.Jacobi
1275
Baubeginn des Kirchenbaues auf einem Feldsteinsockel mit einem drei mal drei Joche zählendem Langhaus und einem einschiffigen Chor begonnen, an den die zunächst kürzeren Seitenschiffe des Langhauses nachträglich herangeführt wurden
um 1300
Abschluss des über alle drei Schiffe geraden Ostabschlusses
bis 1330/40
Fertigstellung als Hallenkirche - Aus dieser Zeit stammen die vier Freipfeilerpaare im Langhaus und der monumentale Ostgiebel.
1319 und 1330
Für St. Marien sind geistliche Gerichtsverhandlungen überliefert, sie fanden vermutlich im Erdgeschoss des Westturmes („Gerichtshalle") statt.
1350 bis 1400
Ausmalung des fertiggestellten ziegelsichtigen Baues der Marienkirche (Rekonstruktion dieser Farbgebung 1977-1984)
um 1350
Anbau der Annenkapelle an der Südseite der Kirche
um 1390
Bau der südlichen Turmseitenhalle
1411
Weihe der zweiten Südkapelle (heute Gedächtniskapelle) mit Wandmalereien der Passion Jesu
1418
Guss der "Großen Betglocke"
1535
Einführung der Reformation durch Johannes Bugenhagen
um 1550
Errichtung der Westvorhalle
1545
Darstellung eines in Wieck gestrandeten Schwertwales an der Turmnordwand
1569
Guss der "Wächterglocke"
1587
Fertigstellung der mit Intarsien geschmückten Renaissance-Kanzel durch den Rostocker Kunsttischler Joachim Mekelenborg
1614
Anfertigung der „Kleinen Glocke"
1648 bis 1815
Greifswald gehört zu Schwedisch-Vorpommern.
1659 und 1678
Beschießung und Belagerung der Stadt durch brandenburgische Truppen, Beschädigung der Kirche - Davon zeugen Eisenkugeln an Wänden und Pfeilern.
1702
Umsetzung des Rubenow-Steins in die Marienkirche,
um 1720
Bau des hölzernen Grabdenkmals für Franz von Essen (gest. 1714)
1736
Einbau eines Kirchengestühls für Franz Joachim Edler von Essen in der Südkapelle der südlichen Turmseitenhalle
1753 bis 1756
Barocker Orgelneubau, dessen Empore teilweise erhalten ist
1758
Explosion des Pulverlabors am Kuhstraßentor, Schäden am Turm und an den Fenstern, Einbau der hölzernen Zuganker
1769 bis 1771
Aufwendige statische Sicherungen am Turm- und Ostgiebelmauerwerk
1794
Marienkirche vollständig ausgeweißt
1300 bis 1800
Bestattungen in der Kirche - Davon zeugen die zahlreichen Grabplatten im Fußboden der Kirche.
1806/07
Nutzung der Kirche als Heeresmaganzin durch die französischen Truppen - Ein großer Teil der Innenausstattung geht verloren.
1806
Kopie der "Heiligen Nacht" von Corregio durch den Maler Friedrich August von Klinckowström aus Ludwigsburg (bei Greifswald) - Die Kopie wird 1811 für St. Marien erworben.
1810 bis 1812
Bauliche Instandsetzung
1815
Greifswald fällt nach dem Wiener Kongress an Preußen.
1835
Errichtung des Hochaltars nach dem Entwurf von Johann Gottlieb Giese durch den Kunsttischler Christian Friedrich (Bruder von Caspar David Friedrich
1837
Abschluß der Altarerneuerung mit der Kopie der "Heiligen Nacht", Zierrahmen angefertigt von Mackenthun aus Stralsund
1864 bis 1866
Bau der romantischen Orgel durch Friedrich Albert Mehmel aus Stralsund
1885 bis 1887
Umfassende Instandsetzung einschließlich der Fenster
im 2. Weltkrieg
Nutzung der Kirche als Sanitätsdepot
1953/54
Umbau der Annenkapelle zur Winterkirche
1958
Nutzung der Passionskapelle als Gedächtniskapelle
1977 bis 1984
Umfassende Instandsetzung der Kirche
1988 bis 1991
Generalreparatur der Mehmel-Orgel
1991 bis 1994
Reparaturarbeiten am Ostgiebel (einschließlich der Fenster) und am Turmdach
2008
Reparatur- und Sicherungsarbeiten am obersten Turmgeschoss und am Turmdach
2009
Bautechnische Sicherung des Ostgiebels
2010/11
Turmsanierung
2012
Sanierung des Gewölbes über dem Altar
2014-2016
Sanierung des Dachstuhls über dem Hauptschiff und der Annenkapelle und Neueindeckung
Informationen von André Lutze und Felix Schönrock