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GenoCon

GenoCon2 Challenge A - Circadian Genomic (DIURNAL + PPDB promoter motif)

GenoCon

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Circadian Data collected over two days (44 hours) at four hour intervals in various growth conditions. We calculated the Phase of each data by non-linear best fit to a sine wave with a 24 hour period, and similarly calculated the Amplitude. Visually checking the 1000 largest amplitude genes showed a good fit in all cases, though a few genes clearly deviated from sinusoidal behavior. All had a major period of 24 hours. For each gene locus, we added the LDSS motifs as calculated by PPDB..

References (for PPDB):
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17947329
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17346352
References (for DIURNAL)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18419293

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DiurnalHours_PPDB_COL_LDHH			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.3KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	39.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	75.9KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_COL_SD			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	39.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	75.9KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_DD_DDHC			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.3KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	39.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	76.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_LDHC			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	39.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	75.8KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_LDHH_SM			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.3KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	39.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	75.9KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_LDHH_ST			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	39.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	75.9KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_LER_SD			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	39.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	75.9KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_LIGHT5_HIF138_13			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.6KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	38.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	76.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_LIGHT5_HIF138_8			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.6KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	38.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	76.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_LIGHT5_znknOX			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	38.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	76.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_LL12_LDHH			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.4KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	39.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	76.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_LL23_LDHH			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.4KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	39.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	76.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_LLHC			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	39.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	75.8KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_LL_LDHC			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.3KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	39.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	76.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_LL_LLHC			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.4KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	39.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	76.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_lhyox_SD			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.4KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	39.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	76.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_longday			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.3KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	39.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	75.9KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_lux_2_LDHH			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.3KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	39.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	76.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_phyB9_SD			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.3KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	39.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	76.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_PPDB_shortday			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月21日	19.3KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月21日	39.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月21日	76.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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Collaborators
Website	http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-...
Reference	http://diurnal.mocklerlab.org/diurnal_...
Total downloads	9290
Created date	Sep 14, 2012
Last update date	Sep 21, 2012

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この図は、データ作品間のつながりを可視化したものです。

緑の円はデータ作品、青の円は外部リソースを表しています。

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