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生命科学系データベースアーカイブ

tRNADB-CE

tRNA配列、アノテーション及びキュレーションのデータ

データ説明

info データ名 tRNA配列、アノテーション及びキュレーションのデータ
info DOI
info データ内容の説明

tRNAの探索結果、キュレーションのデータ。tRNA 遺伝子の探査は、3 種の予測プログラム(tRNAScan-SE, Aragorn, tRNAfinder)を併用し、 予測結果が一致しない場合には、エキスパートによる精査を行った。
判定結果には以下の3種の判定が使用される。
- reliable tRNA gene (オリジナルサイトではしろまる)
- ambiguous case (オリジナルサイトではしろさんかく)
- not tRNA gene (×ばつ)

取得元によってデータのタイプが9種に分類され、それぞれの内訳は以下の通り。
- Prokaryotic complete genome: 95,512件
- Prokaryotic draft genome (WGS): 196,032件
- Plant: 1,608件
- Fungus: 2,773件
- Virus: 151件
- Phage: 962件
- Chloroplast: 4,376件
- Environmental sample (ENV) from GenBank: 101,837件
- Environmental sample (ENV) from Sequence Read Archive: 54,872件
データ件数は、合計458,123件。 CSV形式のテキストファイル。

info データファイル
データファイル名:
trnadb_ce.zip
ファイルサイズ:
22.7 MB
info 簡易検索URL
info データ取得方法

-

info 解析方法

-

info データ件数

458,123件

データ詳細

項目名項目の説明
Data type 取得したデータのタイプ。"Prokaryotic complete genome", "Prokaryotic draft genome (WGS)", "Plant", "Fungus", "Virus", "Phage", "Chloroplast", "Environmental sample (ENV) from GenBank", "Environmental sample (ENV) from Sequence Read Archive"の9種に分類される。
Sequence ID 配列ID
Genome ID ゲノムID (DDBJ GIBのゲノムIDを利用)
Phylum/Class 系統名
Species 生物種名
Start position ゲノム上でのtRNA遺伝子開始位置
End position ゲノム上でのtRNA遺伝子終了位置
Direction ゲノム上でのtRNA遺伝子の向き
Amino Acid アミノ酸タイプ
Anticodon アンチコドン
1st Intron start position 第1イントロンの挿入開始位置
1st Intron end position 第1イントロンの挿入終了位置
Seq tRNA配列
Upstream seq. tRNA遺伝子上流配列(10bp)
tRNA1-7 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造(*1) の1から7のtRNA遺伝子配列
tRNA8-9 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の8から9のtRNA遺伝子配列
tRNA10-13 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の10から13のtRNA遺伝子配列
tRNA14-21 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の14から21のtRNA遺伝子配列
tRNA22-25 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の22から25のtRNA遺伝子配列
tRNA26 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の26のtRNA遺伝子配列
tRNA27-31 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の27から31のtRNA遺伝子配列
tRNA32-38 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の32から38のtRNA遺伝子配列
tRNA39-43 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の39から43のtRNA遺伝子配列
tRNA44-48 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の44から48のtRNA遺伝子配列
tRNA49-53 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の49から53のtRNA遺伝子配列
tRNA54-60 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の54から60のtRNA遺伝子配列
tRNA61-65 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の61から65のtRNA遺伝子配列
tRNA66-72 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の66から72のtRNA遺伝子配列
tRNA73-76 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の73から76のtRNA遺伝子配列
Downstream seq. tRNA遺伝子下流配列(10bp)
1st Intron seq. 第1イントロン配列
2nd Intron start position 第2イントロン挿入開始位置
2nd Intron end position 第2イントロン挿入終了位置
2st Intron seq. 第2イントロン配列
Decision from Dr. Muto 判定結果1 (武藤先生)
Decision from Dr. Inokuchi 判定結果2 (井口先生)
Decision from Dr. Yamada 判定結果3 (山田先生)
Comment of Dr. Muto コメント1 (武藤先生)
Comment of Dr. Inokuchi コメント2 (井口先生)
Comment of Dr. Yamada コメント3 (山田先生)
Final decision 最終判定結果
Comments コメント
Original database ゲノム配列の取得元情報


*1 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造上の共通ポジ ション別に登録。 共通ポジションについては、http://trna.ie.niigata-u.ac.jp/trnadb/tRNA_structure.jpgを 参考。)

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