データ説明 |
| info データ名 | 膜貫通トポロジーモデル |
| info DOI | 10.18908/lsdba.nbdc00973-001 |
| info データ内容の説明 | 実験結果に基づいた302件の膜貫通トポロジーモデルの情報。文献および関連データベースのエントリー情報を総合的に参照して一型のモデルとして提示している。 |
| info データファイル |
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| info 簡易検索URL | http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/tmpdb |
| info データ取得方法 | PubMed、UniProt等での検索 |
| info 解析方法 | 実験的裏づけのあるものをマニュアルで抽出し、まとめた |
| info データ件数 | 302件 |
データ詳細 |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| UniProt ID |
UniProt ID |
| UniProt AC |
UniProt AC |
| Date of creation and last modification |
TMPDBエントリーの作成日と最終更新日 |
| Description |
タンパク質の名称・説明 |
| Gene name |
遺伝子名 |
| Species |
生物種 |
| Encoded on |
遺伝子がコードされているオルガネラ |
| Organism classification |
生物の分類 |
| Localization |
細胞内局在部位 |
| Entry and article number |
参考文献の番号 |
| Pubmed ID (Reference) |
参考文献のPubMed ID |
| Author (Reference) |
参考文献の著書名 |
| Title (Reference) |
参考文献のタイトル |
| Journal (Reference) |
参考文献の雑誌名、出版年、巻号、頁 |
| Cross-reference |
参考データベースのエントリー |
| Experimental method |
トポロジー決定に用いた実験手法 |
| Structural type |
構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例:aquaporin 1) の3つに分類。 |
| # of TM segments |
膜貫通セグメントの数 |
| Topology |
トポロジー (N, C末端の膜に対する向き) |
| Feature table data |
TRANSMEM・・・ 膜貫通セグメントの判定結果
SIGNAL, DOMAINなどその他・・・ シグナル配列やドメインなどの配列情報
CONFLICT・・・ データベース間でのアミノ酸配列の相違 |
| Sequence |
アミノ酸配列 |
| nr-dataset |
Non-redundantセットに含まれるエントリーには*を付与している。 |
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