データベース全般
info 名称の読み方 ティーエムベータゲノム
info 別名 Annotation of Beta-Barrel Membrane Proteins in Genomic Sequences
info 作成者
作成者所属:
産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター
info 連絡先 Dr. M. MICHAEL GROMIHA
Associate Professor
Department of Biotechnology
IIT Madras
Chennai - 600 036
Tel: +91-44-2257-4138(O)
E-mail: rgp_gmap_address
http://www.iitm.ac.in/bioinfo/Gromiha/
info データベース分類 タンパク質配列データベース-タンパク質属性
info データベースの説明 TMBETA-GENOMEはゲノム配列の解読が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ−バレル型膜タンパク質のデータベースです。各ゲノム配列に対して、機械学習と統計的手法を用いた計算が実行され、それらのアノテーション結果がデータベースに格納されています。
info データベースの特長・有用性・活用方法 ゲノムの各配列についてβ-バレル型膜タンパク質と判定された配列をFASTAフォーマットで取得することができ、さらなる解析に用いることができます。また"TMBETA-DISC"や"TMBETA-SVM"などの予測ツールを提供しており(アーカイブ版には含まれません)、アミノ酸配列を入力してβ-バレル型膜タンパク質の判別解析を行うことができます。
info データベースの利用許諾 CC 表示-継承
詳細
info 予算的背景・プロジェクト -
info 論文等
文献名:
TMBETA-GENOME: database for annotated beta-barrel membrane proteins in genomic sequences.
著者名:
Gromiha MM, Yabuki Y, Kundu S, Suharnan S, Suwa M.
雑誌名/掲載年月/号:
Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D314-6. Epub 2006 Nov 6.
外部リンク:
PubMedへのリンク
J-GLOBALへのリンク
データベースのオリジナルサイト情報
info オリジナルサイト -
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info 最終更新年月日 -
info データの一括ダウンロードサイト -
info 参照先データベース NCBI, Ensembl
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info クエリ検索 有り
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info WebサービスURL -
info ユーザ登録 無し