データ説明 |
| info データ名 | 高密度連鎖地図情報 |
| info DOI | 10.18908/lsdba.nbdc00318-03-001 |
| info データ内容の説明 | イネRFLP(制限酵素断片長多型)高密度連鎖地図情報。 |
| info データファイル |
データファイル名: rgp_gmap2000_main.zip
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| info 簡易検索URL | http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rgp_gmap2000_main |
| info データ取得方法 | イネRFLP連鎖地図は以前作成した「A High-Density Rice Genetic Map 1998(高密度イネ遺伝地図1998)」のマーカーに1000近い新しいRFLPマーカーを加えた、3267のDNAマーカーを用いて構築しました。
追加マーカーのRFLP分析では、プローブとして、cDNA挿入断片全体よりもcDNAの3'非翻訳領域(UTR)を多く使用しました。このような場合、マーカー名はSの文字で終わります。挿入断片の目的の領域と同様に、3'UTR(非翻訳領域)を増幅するために、ユニバーサルプライマー「M13RV」と、3'末端の配列データを使って設計し得る適切な特異的プライマーを使用しました。
マーカーの命名と他の種々の詳細は「A High-Density Rice Genetic Map 1998(高密度イネ遺伝地図1998)」のデータに従っています。 |
| info 解析方法 | 表では、各染色体上での短腕のテロメア末端からの各マーカーの地図上の位置(遺伝的距離をcMで表示)、染色体番号、マーカー名、RFLP分析でプローブとして使用した挿入断片の5'末端と3'末端配列のDDBJ accession番号(入手可能な場合のみ)を表示します。
マーカーの位置関係の解析は、MAPMAKER/EXP 3.0で行いました。 |
| info データ件数 | 3,267 件 |
データ詳細 |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| Chrom. No. |
染色体番号 |
| Floating marker |
フローティングマーカー。
「F」は遺伝子座分離データが異なる位置のデータといかなる組換えも示さなかったことを表す。
「F」が表示されている場合、最小位置はPositionカラム、最大位置はMaxカラムで表示される。 |
| Position |
短腕末端からの遺伝子座の遺伝的距離。
Floating markerカラムが「F」の場合は最小位置を示す。 |
| Max |
Floating markerカラムが「F」の場合は最大位置を示す。 |
| Marker name |
マーカー名:マーカー名をlocus nameとして使用しており、「DNAマーカー詳細情報」の「Real name」と同じ |
| Accession 5'_1 |
プローブとして使用した挿入断片である 5'末端のDDBJシーケンスアクセッション番号 |
| Accession 5'_2 |
5'末端に2個のアクセッション番号がある場合の、もう一つのDDBJアクセッション番号
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| Accession 3' |
3'末端のDDBJシーケンスアクセッション番号 |
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