データ説明 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| info データ名 | 染色体毎のマーカー情報 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| info DOI | 10.18908/lsdba.nbdc00318-05-001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| info データ内容の説明 | 染色体毎のSTSマーカー、CAPSマーカー情報 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| info データファイル | データファイル名: rgp_caps_main.zip ファイルサイズ: 18.5 KB | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| info 簡易検索URL | http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rgp_caps_main | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| info データ取得方法 |
STSマーカー: いくつかのcDNAライブラリーに由来したEST配列から設計されるクローン特有のシーケンス(3'末端)を使って、161のSTSマーカーが開発されました (Yamamoto et al. 1997 Plant Mol Biol 35: 135-144)。 CAPSマーカー: 高密度RFLP連鎖地図( A HIGH-DENSITY RICE GENETIC MAP, Harushima et al. 1998, The Latest High-Density Rice Genetic Map, Including 3267 Markers, Rice Genome Research Program 2000)に由来する情報を使用して、6つの派生CAPS(dCAPS)マーカー(Konieczny and Ausbel 1993 Plant J. 4: 403-410, Neff et al. 1998 Plant J. 14: 387-392) を含む171のCAPSマーカーを開発しました。 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| info 解析方法 |
STSマーカー: 各マーカーの染色体上の位置は、イネのYAC(酵母人工染色体)物理地図を使用したESTマッピング(Wu et al. 2002 Plant Cell 14: 525--535) によって同定されました。46のランダムに選ばれた戻し交雑自殖系統群(BILs)を使用した連鎖解析によって、すべての多型マーカーにおける染色体上の位置を確かめました(Lin et al. 1998 Theor Appl Genet 96: 997-1003)。 増幅は、GeneAmp PCR System 9600(パーキンエルマー社製)を使用しました。 CAPSマーカー: RFLP連鎖分析に使用されるクローンの5'および3'配列データを用いて、ゲノムの特異的増幅のための固有のプライマー対を設計しました。さらに、多型を検出するために制限酵素による消化を行いました。CAPSマーカーの染色体上の位置を確認するために、14のランダムに選ばれたF2植物を使って連鎖解析を行いました(Harushima et al. 1998 Genetices 148: 479-494)。 PCR増幅は、GeneAmp PCR System 9600を使用しました。 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| info データ件数 | 527 件 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
データ詳細 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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