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生命科学系データベースアーカイブ

PSCDB

タンパク質立体構造変化データ

データ説明

info データ名 タンパク質立体構造変化データ
info DOI
info データ内容の説明

タンパク質の立体構造変化とリガンド結合の関係を表したデータ

info データファイル
データファイル名:
pscdb.zip
ファイルサイズ:
45.6 KB
info 簡易検索URL
info データ取得方法

PDB

info 解析方法 -
info データ件数

1,084 件

データ詳細

項目名項目の説明
PSCID データのID
Classification 6桁の数字からなる分類番号。各数字の意味は、左から以下の通りである。
  • 1. リガンド結合と共役したドメイン運動のコンポーネント数
  • 2. リガンド結合と独立なドメイン運動のコンポーネント数
  • 3. リガンド結合と共役したローカル運動のコンポーネント数
  • 4. リガンド結合と独立なローカル運動のコンポーネント数
  • 5. リガンドが埋没したドメイン数
  • 6. 表面にリガンド分子が結合したドメイン数
Protein name タンパク質名
FreeID リガンドと結合していない立体構造(PDB ID)
BoundID リガンド結合した立体構造(PDB ID)
Ligands リガンド名(PDB)
EC EC番号(酵素番号)
Distance 酵素活性部位(Catalytic Site Atlas(CSA))とリガンド結合部位の距離
Component No 運動のコンポーネント番号
Type of motion 運動の種類
Ligand binding リガンド結合の種類
Type of coupled motion リガンド結合と共役した運動の種類
Order-disorder transition ディスオーダー領域の有無("Yes"または空白)
RMSD ドメイン運動の平均二乗平方根変位量
Mean displacement ローカル運動の平均変位量
C.C. 線形応答理論によって予測された変位ベクトルと、結晶構造で実際に観測された変位ベクトルとの相関係数
Crystal packing 結晶場の影響により誘起された運動の有無("Coupled"または空白)
Fixed segment 固定した運動部位
Moving segment 可動する運動部位
Disorder ディスオーダー残基数
Helix/coil ヘリックス/コイル転移する残基数
Open state 結晶場の影響による開閉運動の区分
H-bonds/ligand リガンド埋没運動に分類されたタンパク質とリガンドの水素結合の数
H-bonds/water リガンド埋没運動に分類されたタンパク質と水分子の水素結合の数
H-bonds/protein リガンド埋没運動に分類されたタンパク質の水素結合の数

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