- あのデータベースが、丸ごとダウンロード可能に!-

生命科学系データベースアーカイブ

PGDBj - オルソログデータベース

Protein (緑色植物)

データ説明

info データ名 Protein (緑色植物)
info バージョン info データ内容の説明

NCBI Reference Sequenceデータベースから取得した緑色植物のアミノ酸配列をNCBI GI番号およびReference Sequence IDと注釈情報を付記して整理したデータ。各系統群でアミノ酸配列が所属するオルソログデータベースのクラスターIDを併記。

info データファイル
データファイル名:
pgdbj_ortholog_db_viridiplantae_protein.zip
ファイルサイズ:
200 MB
info 簡易検索URL info データ取得方法

NCBI Reference Sequenceデータベースから取得したアミノ酸配列。

info 解析方法

NCBI Reference Sequenceデータベースで500以上のアミノ酸配列を含む生物種を対象。

info データ件数

1,137,698 件

データ詳細

項目名項目の説明
GI number アミノ酸配列のNCBI GI番号
RefSeq ID NCBI Reference Sequence ID
Chr 染色体番号またはゲノムID
Start Position 開始位置
Stop Position 終了位置
Cluster (Kingdom) クラスターID (分類群:Kingdom)
Cluster (Phylum) クラスターID (分類群:Phylum)
Cluster (No rank 1) クラスターID (分類群:No rank 1)
Cluster (No rank 2) クラスターID (分類群:No rank 2)
Cluster (No rank 3) クラスターID (分類群:No rank 3)
Cluster (No rank 4) クラスターID (分類群:No rank 4)
Cluster (No rank 5) クラスターID (分類群:No rank 5)
Cluster (No rank 6) クラスターID (分類群:No rank 6)
Cluster (No rank 7) クラスターID (分類群:No rank 7)
Cluster (No rank 8) クラスターID (分類群:No rank 8)
Cluster (No rank 9) クラスターID (分類群:No rank 9)
Cluster (No rank 10) クラスターID (分類群:No rank 10)
Cluster (Class) クラスターID (分類群:Class)
Cluster (No rank 11) クラスターID (分類群:No rank 11)
Cluster (Subclass) クラスターID (分類群:Subclass)
Cluster (No rank 12) クラスターID (分類群:No rank 12)
Cluster (Order) クラスターID (分類群:Order)
Cluster (Family) クラスターID (分類群:Family)
Cluster (No rank 13) クラスターID (分類群:No rank 13)
Cluster (Subfamily) クラスターID (分類群:Subfamily)
Cluster (No rank 14) クラスターID (分類群:No rank 14)
Cluster (Tribe) クラスターID (分類群:Tribe)
Cluster (Subtribe) クラスターID (分類群:Subtribe)
Cluster (Genus) クラスターID (分類群:Genus)
Cluster (Subgenus) クラスターID (分類群:Subgenus)
Cluster (Species) クラスターID (分類群:Species)
Cluster (Subspecies) クラスターID (分類群:Subspecies)
Cluster (Forma) クラスターID (分類群:Forma)
Cluster (No rank 15) クラスターID (分類群:No rank 15)
Annotation アミノ酸配列の注釈情報
Organism 生物種名
AA sequence アミノ酸配列

AltStyle によって変換されたページ (->オリジナル) /