MetalMineは金属イオン結合タンパク質のデータベースです。最近MetallomeやMetallomicsのような言葉が出てきたことに示されるように、生命システムにおける金属イオンの重要性はますます注目を集めています。しかし我々の知る限り、公に利用できる金属結合タンパク質の完全なリストはありませんでした。そこで私たちは、タンパク質の機能的な金属結合部位を整理するためにこのデータベースを作成しました。
PDB databaseから金属結合部位を自動抽出すると、生物的機能のない多くの金属結合部位を含んでしまいます。このような結果は、結晶化を促進するために加える塩のような、実験条件に由来する典型的なものです。それは区別することが難しいことがしばしばですが、私たちはマニュアルでキュレーションを行うことによって、人工的な配位を除外することを試みました。
オリジナルデータのダウンロードについては、metalmine_addressにご一報ください。