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生命科学系データベースアーカイブ

KAIKOcDNA

EST詳細

データ説明

info データ名 EST詳細
info DOI
info データ内容の説明

カイコのEST(cDNA)配列の一覧です。2011年9月時点の公的データベースに登録したEST、および、2010年6月時点での公的データベースに登録したcDNAで構成されます。

info データファイル
データファイル名:
kaiko_cdna_main.zip
ファイルサイズ:
157 MB
info 簡易検索URL
info データ取得方法 -
info 解析方法

各ESTに対し、6種類のデータベースでBLAST検索を行い、注釈(アノテーション)を付けています。
ESTはBLASTN (all-against-all) でグループ分けされました。それぞれのグループ(クラスタ)に対して、各contigのもっとも上流の領域を含むクローンを代表的配列 (EST) として選びました。各代表的配列には、InterProScanによって注釈を付けました。

info データ件数

532,655 件

データ詳細

項目名項目の説明
Accession Number アクセション番号
Clone Name クローン名
Length 配列の長さ (bp)
GO check_date InterProScan実行日
GO Iprscan Value InterProScan結果へのリンク
GO ID GO ID一覧
NR blast_date BLAST実行日(DB: NCBI-nr)
NR value BLAST検索結果概要(DB: NCBI-nr)
NR definition 相同な配列のdefinition(DB: NCBI-nr)
Drosophila blast_date BLAST実行日(DB: D. melanogasterタンパク質配列)
Drosophila value BLAST検索結果概要(DB: D. melanogasterタンパク質配列)
Drosophila definition 相同な配列のdefinition(DB: D. melanogasterタンパク質配列)
C.elegans blast_date BLAST実行日(DB: C. elegansタンパク質配列)
C.elegans value BLAST検索結果概要(DB: C. elegansタンパク質配列)
C.elegans definition 相同な配列のdefinition(DB: C. elegansタンパク質配列)
Anopheles blast_date BLAST実行日 (DB: A. gambiaeタンパク質配列)
Anopheles value BLAST検索結果概要 (DB: A. gambiaeタンパク質配列)
Anopheles definition 相同な配列のdefinition (DB: A. gambiaeタンパク質配列)
Apis blast_date BLAST実行日(DB: A.melliferaタンパク質配列)
Apis value BLAST検索結果概要(DB: A.melliferaタンパク質配列)
Apis definition 相同な配列のdefinition(DB: A.melliferaタンパク質配列)
Tribolium blast_date BLAST実行日(DB: T. castaneumタンパク質配列)
Tribolium value BLAST検索結果概要(DB: T. castaneumタンパク質配列)
Tribolium definition 相同な配列のdefinition(DB: T. castaneumタンパク質配列)
Cluster Size 同一クラスタに属する配列の数
Rep ID 代表的ESTのアクセション番号
cDNA library name cDNAライブラリ名
Sequence 配列

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