データ説明 |
| info データ名 | Screening Information |
| info DOI | 10.18908/lsdba.nbdc00114-003 |
| info データ内容の説明 | 多型探索実験における各種情報。
「データ提供」 http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/data_roots.html の「各遺伝子構造中の塩基置換型の頻度別」より提供されていた。 |
| info データファイル |
データファイル名: jsnp_screen.zip
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| info 簡易検索URL | http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/jsnp_screen |
| info データ取得方法 | GenBankやRefSeqのヒトゲノム配列より選択したエクソン、プロモーター領域、イントロンを、24人(東大・JST)、48人(理研)または40人(女子医大)の日本人ボランティアより得たDNAサンプルを鋳型としてPCR増幅し、キャピラリーシークエンサーでシークエンス。 |
| info 解析方法 | PolyPhredで候補SNPsを検出し、シークエンス結果を目視で検証。 |
| info データ件数 | 197,195 件 |
データ詳細 |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| JSNP ID |
JSNP ID |
| In Gene |
多形探索実験において、多型が位置する遺伝子領域区分
- promoter*1: GenBankエントリ中のアノテーション
- promoter*2: GENSCANによる予測
- promoter*3: 推定プロモータ (RefSeqのmRNAレコードの開始位置の1.5kb上流)
- CDS*1: GenBankエントリ中のアノテーション
- CDS*2: GENSCANによる予測
- CDS*3: cDNAとのホモロジー検索による抽出
- exon*1: GenBankエントリ中のアノテーション(either positively or passively)
- exon*3: mRNA/cDNA/Unigeneレコードとのホモロジー検索による抽出
- intron*1: GenBankエントリ中のアノテーションまたはExon*1やCDS*1の間
- intron*2: CDS*2の間
- intron*3: Exon*3やCDS*3の間
- others: 遺伝子の周辺領域
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| Type |
多型の種類
- SNP:一塩基多型
- IND:挿入/欠失
- MIC:マイクロサテライト
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| Frequencies |
dbSNPにおけるマイナーアレル頻度(複数)
[ ]内の値はJSNPのオリジナルアレル頻度
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| allele |
実験で得られたアレル |
| dbSNP ss# |
dbSNPにおけるss (submitted SNP) number |
| dbSNP rs# |
dbSNPにおけるrs (reference SNP) number |
| HGVbase-ID |
HGVbaseにおけるID |
| 5' assay |
多型の5’側の配列 |
| 3' assay |
多型の3’側の配列 |
| Screened Accession |
多型探索実験で対象とした配列のアクセション番号 |
| Screened Position |
多型探索実験で対象とした配列上の多型の位置 |
| Screened Symbol |
多型探索実験で対象とした配列に関連する遺伝子名 |
| Screened OMIM-ID |
多型探索実験で対象とした配列に関連するOMIM ID |
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