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生命科学系データベースアーカイブ

JSNP

Polymorphism Sequence

データ説明

info データ名 Polymorphism Sequence
info DOI
info データ内容の説明

多型(SNPと挿入/欠失)情報、およびそれらの前後配列。

「Flat files」 ftp://ftp.hgc.jp/pub/hgc/db/snp/imsSNP140508.fas および ftp://ftp.hgc.jp/pub/hgc/db/snp/imsIND140508.fas として提供されていた。

info データファイル
データファイル名:
jsnp_seq.zip
ファイルサイズ:
10.6 MB
info 簡易検索URL
info データ取得方法

データ「Screening Information」より

info 解析方法

-

info データ件数

197,195 件

データ詳細

項目名項目の説明
Database Name

データベース名

JSNP_SNP:一塩基多型

JSNP_InsDel_IND:挿入/欠失

JSNP_InsDel_MIC:マイクロサテライト

JSNP ID

JSNP ID

IMS-JSTで始まるID:東大医科研・JST由来

ssjで始まるID:理研遺伝子多型研究センターまたは東京女子医科大学由来

Allele Frequency (簡易検索ページのみ)同一JSNP IDのアレル頻度情報へのリンク
Screening Information (簡易検索ページのみ)同一JSNP IDの多型探索情報へのリンク
Mapping Information (簡易検索ページのみ)同一JSNP IDのマッピング情報へのリンク
Integrated List (簡易検索ページのみ)同一JSNP IDの統合リストへのリンク
dbSNP ss# dbSNPにおけるss (submitted SNP) number
dbSNP rs# dbSNPにおけるrs (reference SNP) number
5' Flanking Sequence 多型の5’側の配列
Observed 実験で得られたアレル
3' Flanking Sequence 多型の3’側の配列
Offset in Flanking Sequence 前後配列上の多型の位置
Total Length トータル配列長
Accession No. 多型探索実験で対象とした配列のアクセション番号
Offset in Record 多型探索実験で対象とした配列上の多型の位置
Comment Type 多型が反復配列中に存在する場合は"1"を、多型の前後配列が反復配列と重複している場合は"2"を表示
Gene Symbol

多型が位置する遺伝子略称

(LocusLink,、GenBank、Unigeneによる)

JSNP previous ID

過去のJSNP ID

(IMS-JST104817〜IMS-JST105472およびIMS-JST075266〜IMS-JST075585はIDがssjへ変更されている)

JSNP reference ID

参照用JSNP ID

(複数のJSNP IDが同一の多型に与えられている場合)

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