データベース全般

東京大学大学院 総合文化研究科 広域科学専攻生命環境科学系
佐藤 直樹
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Taxonomy Name:11 plants, 9 Other bikonts, 25 cyanobacteria, 15 photosynthetic bacteria, 31 non-photosynthetic bacteria, 8 Opistokonts (animals and fungi), total 95 species

比較する全生物種の全タンパク質の総当たりBLASTの結果に基づいて,類似度の閾値を自動的に設定しながら, 相同タンパク質の分類を行うのがGclustの特徴である。また,機能未知タンパク質についても相同クラスタができるため, 注目する生物群に特有の相同クラスタを見つけることにより, それら生物群に固有の生理機能にかかわるタンパク質を発見する手がかりを与えることができる(系統プロファイリング)。 Gclustデータベースは系統プロファイルによる検索を可能にした相同タンパク質データベースである。

相同タンパク質を多数の生物について比較することは,比較ゲノム研究のもっとも基本となるところであるが,従来の方法では,ゲノムを1対1で比較したデータを集めるのが普通であった。タンパク質の種類によって,類似度には大きな差が有り,非常に保存性の高いタンパク質グループもあれば,かなり保存性が低いオルソログも存在する。 こうした点を考慮しながら,ゲノム特定の公募研究として,自動的にオルソログクラスタを作る手法を開発し,光合成生物特有のタンパク質群の機能解析に応用した。

データベースのオリジナルサイト情報

NCBI , JGI(http://www.jgi.doe.gov/) , CGP(http://merolae.biol.s.u-tokyo.ac.jp/)