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生命科学系データベースアーカイブ

Gclust Server

95生物種のタンパク質アミノ酸配列間の類似度比較に基づくクラスター

データ説明

info データ名 95生物種のタンパク質アミノ酸配列間の類似度比較に基づくクラスター
info DOI
info データ内容の説明

本データベース中のアミノ酸配列データを総当たりでBLASTP検索し、E-valueとオーバーラップスコア(相同な領域の割合)をクラスタリングの条件として用い、 クラスター毎に最適なE-valueとオーバーラップスコアの領域を求める方法 (Bioinformatics 2009 Mar 1;25(5):599-605.) でクラスタリングを行った。 CSV形式のテキストファイル。

info データファイル
データファイル名:
gclust_cluster.zip
ファイルサイズ:
8.72MB
info 簡易検索URL
info データ取得方法

本データベース中の配列データ

info 解析方法

-

info データ件数

206,764件

データ詳細

項目名主キー外部キー項目の説明
Cluster ID クラスターのID
Representative sequence ID クラスターを代表する配列のID。gclust_seqを参照する。
Link to cluster sequences クラスターに属する配列リストへのリンク(空欄)
Link to related sequences クラスター形成に用いなかった類似関係にある配列リストへのリンク
Sequence length アミノ酸配列長
Representative annotation クラスターの代表的なアノテーション
Number of Sequences クラスターに含まれる配列数
Homologs クラスターに含まれる配列数
Clustering threshold クラスタリングに用いたE-valueの閾値
Plants (7species) (%) 植物・藻 (Plants and algae)の7種中、このクラスタに含まれた種の割合
Other bikonts (9species) (%) 他のバイコンタ(Bikonts (Chromalveolata, Excavata))の9種中、このクラスタに含まれた種の割合
Cyano (25species) (%) シアノバクテリア(Cyanobacteria)の25種中、このクラスタに含まれた種の割合
Photo Bact (15species) (%) 光合成細菌(Photosynthetic bacteria) 15種中、このクラスタに含まれた種の割合
Other Bact (31species) (%) 非光合成細菌(Non-photosynthetic bacteria)の31種中、このクラスタに含まれた種の割合
Opisthokonts (8species) (%) オピストコンタ(Opisthokonts)の8種中、このクラスタに含まれた種の割合
Number of Sequences for each species クラスターに含まれる生物種毎の配列数
Species not appearing in this cluster クラスターに含まれなかった生物種

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