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生命科学系データベースアーカイブ

fRNAdb

データベースの説明

データベース全般

info 名称の読み方 エフアールエヌエーディービー
info 別名 機能性RNAデータベース
info 作成者
作成者英名:
Toutai Mituyama
作成者所属:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
作成者の文献検索:
作成者英名:
Kiyoshi Asai
作成者所属:
東京大学大学院新領域創成科学研究科
作成者の文献検索:
info 連絡先

光山 統泰:

info データベース分類 RNA配列データベース
info 生物種

32,978 生物種

info データベースの説明

機能性RNAデータベースは、文献で報告された非コードRNAを収集し、塩基配列、ゲノム位置、2次構造、文献情報などと関連付けてカタログ化したものである。RNA情報は文献および既存データベース(H-inv、NONCODE、RNAdb)からの収集による。ゲノム位置、2次構造は計算機による予測による。文献情報は、RNAファミリ名を題名・要旨に含むものを検索したものである。

info データベースの特長・有用性・活用方法

機能性RNAデータベースではBLAST検索、様々なゲノムの文脈(進化的保存度や遺伝子座の特徴など)からの検索、文献からの検索と、ユーザ側の様々な基準に合致するRNAを検索するための強力な検索サービスを提供している。

info データベースの利用許諾 CC 表示-継承 詳細
info 予算的背景・プロジェクト
名称:
新エネルギー研究開発機構(NEDO) 機能性RNAプロジェクト(2006〜2010)
info 論文等
文献名:
fRNAdb: a platform for mining/annotating functional RNA candidates from non-coding RNA sequences
著者名:
Kin T, Yamada K, Terai G, Okida H, Yoshinari Y, Ono Y, Kojima A, Kimura Y, Komori T, Asai K.
雑誌名/掲載年月/号:
Nucleic Acids Research/2007/D145-8
文献名:
The Functional RNA Database 3.0: databases to support mining and annotation of functional RNAs.
著者名:
Mituyama T, Yamada K, Hattori E, Okida H, Ono Y, Terai G, Yoshizawa A, Komori T, Asai K.
雑誌名/掲載年月/号:
Nucleic Acids Research/2009/D89-92

データベースのオリジナルサイト情報

info データベース運用場所


(注記)オリジナルサイトでの公開を終了

info オリジナルサイト (運用終了) http://www.ncrna.org/
info 運用開始年月日 2006年12月
info 最終更新年月日 2011年
info 統括サイト -
info データの一括ダウンロードサイト -
info 参照先データベース -
info 一覧表示 -
info クエリ検索 -
info Webサービス -
info WebサービスURL -
info ユーザ登録 -

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