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生命科学系データベースアーカイブ

eDDASs

データベースの説明

データベース全般

info 名称の読み方 イーダス
info 別名 eDNA Database for Agricultural Soils
info 作成者
作成者氏名:
對馬 誠也
作成者英名:
Seiya Tsushima
作成者所属:
農業環境技術研究所
info 連絡先

〒305-8666 つくば市観音台2-1-18
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構 中央農業研究センター
Tel & Fax: 029-838-8829
Email: eddass address (吉田重信)

info データベース分類 その他の分子生物学データベース
info 生物種
生物種名:
Fungi
Taxonomy ID:
生物種名:
Bacteria
Taxonomy ID:
生物種名:
Nematoda
Taxonomy ID:
info データベースの説明

eDDASs(イーダス)は,eDNA Database for Agricultural Soilsの略称です。全国各地の農耕地で収集された土壌物理・化学性、作物栽培様式、 およびその畑土壌由来のeDNA(environmental DNA)解析情報を収納した「国内初の農耕地eDNAバンク」であり、 独立行政法人農業環境技術研究所で運営されています。高品質な作物生産を行う上で、安定した地力の確保、連作障害等の病害の克服が重要であ り、それを実現するためには、 土壌の物理性、化学性、生物性を適切に把握する必要があります。物理性、化学性については、これまで多くの知見が得られ、 土壌診断の項目にも取り入れられていますが、生物性の評価法は確立されていません。 土壌病害の発生や有機質肥料からの養分供給には微生物が関与しており、土壌診断には、生物性の評価が不可欠です。 eDDASsは,近年著しく発展しているDNA解析技術を用いて、土壌中に生息する膨大な微生物の一端を解析し、 その情報を解析者のみならず、土壌微生物研究等に関わる多くの方々に提供することを目的としています。 eDDASsの大きな特徴は、「細菌」・「糸状菌」・「線虫」を同時に比較できることです。 このように微生物を網羅したデータベースは国内では初めてです。

info データベースの特長・有用性・活用方法

eDDASsの特徴は、各地で収集された農耕地eDNA情報を相互に比較できる点にあります。 eDDASsでは、近年広く世界中で普及しているDGGE(濃度勾配変性ゲル電気泳動)法というDNA解析手法を用いて、 全国各地の農耕地からeDNAを取り出しその中の生物の多様性を解析した結果を提供します。 しかし、DGGE解析にも問題点はあります。 それは、(1)用いるプライマーが異なると得られる結果が異なること、 (2)ゲルが異なると同一DNAサンプルを用いた場合でもDNAパターンが異なることです。 この問題を克服するために、(1)では同一のプライマーを用いる、 (2)では全てのゲルに同一マーカー(マーカーDNA)を付けることによって、 データを相互に比較できるようにしました(標準化)。 eDDASsで用いる標準法は、「土壌eDNA解析マニュアル(細菌・糸状菌相・線虫相)」にまとめられています。

info データベースの利用許諾 CC 表示-継承 詳細
info 予算的背景・プロジェクト
info 論文等
文献名:
著者名:
雑誌名/掲載年月/号:
外部リンク:

データベースのオリジナルサイト情報

info 運用開始年月日 2011年03月31日
info 最終更新年月日 2013年02月20日
info 統括サイト
info データの一括ダウンロードサイト -
info 参照先データベース -
info 一覧表示 有り
info クエリ検索 有り
info Webサービス 無し
info WebサービスURL -
info ユーザ登録 有り

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