DGGEによる土壌微生物相の分析結果。
ただし表示の便宜のため、Soilの大半の項目を含む。
各農耕地土壌から抽出されたDNAの微生物群集解析をPCR-DGGE法によって行った
詳しくは標準マニュアル(http://www.niaes.affrc.go.jp/project/edna/edna_jp/manual_pdf.html)を参照
・DGGEゲル画像はGelCompar II ver. 5.1 (Applied Math, Kortrijk, Belgium) で解析された
・各多様性指数は標準化されたDGGEゲル画像のバンド情報から算出された
6,759 件
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Accession Number (アクセッション番号) | |
| Soil Icon |
土壌群と土地利用を記号で表示 |
| Accession Number (アクセッション番号) | 管理者が指定する土壌登録番号
*Accession Numberの識別 ・ハイフン前方の6桁の数字が同じ場合、同一反復(処理)区かつ同一採取日のサンプルであることを示す |
| Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) | |
| DNA Marker Information (対象マーカー情報) | marker for bacterium, fungas, nematodeから選択 |
| Lane Number (レーン番号) | DGGEゲル画像におけるレーン番号(左側から) |
| Quality (精度) | 精度 |
| DGGE Gel Image | DGGEゲル画像 |
| Associated Data (関連データ) | |
| Repeat Data (反復データ) | 反復データがある場合に表示 |
| Microorganisms (微生物) | 他の微生物を対象としたデータがある場合に表示 |
| Diversity Index (多様性指数) | |
| Richness (R) (種の豊富さ) | 種の豊富さ |
| Shannon index (H’) (シャノン指数) | シャノン指数 |
| Simpson index (1-D) (シンプソン指数) | シンプソン指数 |
| Sample Registration (サンプル登録) | |
| Collector (採取者名) | 採取者名 |
| Affiliation (所属名) | 所属名 |
| Sampling Date (採取年月日) | 採取年月日 |
| Experimental Purpose (試験目的) | |
| Experimental Purpose (試験目的) | 例)肥料と収量の関係 |
| Experimental Plan (試験設計) | |
| Experimental Plan (試験設計) |
例)X区=×ばつC反復、あるいは現地調査A地点の反復サンプルCなどのように |
| Sample Information (サンプル情報) | |
| Sample Information (サンプル情報) | DNA情報に相当するサンプルの情報 例)X処理のZ区の反復2番目 |
| Experimental Plot (試験区面積) | |
| Experimental Plot (試験区面積) | 試験区面積 |
| Sampling Site (採取場所) | |
| Latitude (緯度(北緯)) * 非公開にしました(2019年10月17日) | 緯度(北緯) |
| Longitude (経度(東経)) * 非公開にしました(2019年10月17日) | 経度(東経) |
| Location * 非公開にしました(2019年10月17日) | サンプルの採取場所を示すGoogle Mapsへのリンク |
| Note (備考) | 備考 |
| Origin (由来) | |
| Origin (由来) | non-rhizosphere(非根圏)、rhizosphere(根圏)、その他から選択 |
| Note (備考) | 備考 |
| Soil Groups (土壌群) | |
| Soil Groups (土壌群) | 農耕地土壌分類(第3次案)の24群から選択 |
| Land Use (土地利用) | |
| Land Use (土地利用) | 田、普通畑、樹園地(果樹園・茶園)、草地(牧草地・放牧地等)、その他(耕作放棄地・非農耕地)から選択 |
| Physical and Chemical Properties of Soil (土壌物理化学性) | |
| Soil Texture (土性) | 土性11項目から選択 |
| pH (pH (風乾土)) | pH (風乾土) |
| EC (EC) | EC |
| Total C (炭素含有率) | 炭素含有率 |
| Total N (窒素含有率) | 窒素含有率 |
| Soil Biomass (土壌バイオマス) | 微生物バイオマス量 |
| Available P (可給態P) | トルオーグリン酸 |
| Nitrogen Mineralization Rate (窒素無機化量) | 培養法(土壌標準分析測定法に準ずる) |
| Soil Respiration Activity (土壌呼吸活性) | 土壌呼吸活性 |
| Soil Moisture Content (土壌水分(生土あたりの含水量)) | 土壌水分(生土あたりの含水量) |
| Cation Exchange Capacity (CEC) (陽イオン交換容量) | 陽イオン交換容量 |
| The Others (その他) | その他 |
| Crop (栽培作物) | |
| Crop (作物名) | 作物名 |
| Cultivar (品種) | 品種 |
| Planting Density (1) (栽植密度) | 密度(本/m2) |
| Planting Density (2) (栽培様式) | 畝間 or 条間(cm)×ばつ株間(cm) |
| Note (備考) | 備考 |
| Organic Fertilizer (有機質肥料) | |
| Kind of Organic Material (有機物の種類) | 有機物の種類 |
| Rate of Application (施用量) | 施用量 |
| Year of Continuous Application (連用年数) | 連用年数 |
| Time of Fertilizer Application (施用時期) | 春、夏、秋、冬から選択 |
| Chemical Fertilizer (化学肥料) | |
| Kind of Fertilizer (肥料の種類) | 肥料の種類 |
| Rate of Fertilizer Application (施用量) | 施用量 |
| Year of Continuous Application (連用年数) | 連用年数 |
| Time of Fertilizer Application (施用時期) | 春、夏、秋、冬から選択 |
| Pesticide Application (薬剤散布) | |
| Kind of Pesticide (薬剤の種類) | 薬剤の種類 |
| Rate of Pesticide Application (施用量) | 施用量 |
| Year of Continuous Application (連用年数) | 連用年数 |
| Time of Pesticide Application (施用時期) | 春、夏、秋、冬から選択 |
| Water Management (水管理) | |
| Water Management (水管理) | 水管理 |
| Experimental Result (試験結果) | |
| Experimental Result (試験結果) | 調査データ(収量、病害発生等) |
| Cultivation History (栽培暦) | |
| Former Cultivated Crop (前作物名) | 前作物名 |
| Seeding or Transplanting Date (作業日) | 播種日または移植日(裸地などの場合はNDと記入) |
| Harvest Date (収穫日) | 収穫日 |
| Temperature (気温) | |
| Temperature (気温) | 気温 |
| DNA Sequence (DNA) | |
| DNA Extraction Methods (抽出法) | スタンダード法か、独自法か選択 |
| Sample Name (サンプル名) | サンプル名 |
| Target DNA (種類) | 例)16S rDNA |
| Note (備考) | 備考 |
| Other Related Date (その他関連データ) | |
| Gradient of Denaturing Agent (変性剤濃度勾配) | 変性剤濃度勾配 |
| Run Voltage (泳動電圧) | 泳動電圧 |
| Run Time (泳動時間) | 泳動時間 |
| Run Temperature (泳動温度) | 泳動温度 |
| Amount of Sample DNA (泳動DNA量) | 泳動DNA量 |
| Note (備考) | 備考 |
| Download | |
| DGGE Gel Image | DGGEゲル画像 |
| Environmental Data | 環境データ |
| All Data | 全データ |