Sequence Read Archive における Experiment ID に従って分類された ChIP-Seq データのメタデータのリスト。リファレンスゲノムデータ、抗原、細胞株の分類などの情報を含む。詳しくは https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#downloads_doc を参照のこと。
Sequence Read Archive からダウンロードしたデータを標準的なChIP-Seq データ解析パイプラインで処理することによって得られたデータに対して、人手でメタデータの整理を行った。
439,593 件
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Experimental ID | Experimental ID (SRX, ERX, DRX) |
| Genome assembly | Genome assembly |
| Antigen class | Antigen class |
| Antigen | Antigen |
| Cell type class | Cell type class |
| Cell type | Cell type |
| Cell type description | Cell type description |
| Processing logs | Processing logs (# of reads, % mapped, % duplicates, # of peaks [q < 1E-05]) |
| Title | Title submitted by authors |
| Meta data | Meta data submitted by authors |
| BigWig | Link to a BigWig-formatted coverage score binary file. |
| Peak-call (BED) (q < 1E-05) | Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-05. |
| Peak-call (BED) (q < 1E-10) | Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-10. |
| Peak-call (BED) (q < 1E-20) | Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-20. |
| Peak-call (BigBed) (q < 1E-05) | Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-05). |
| Peak-call (BigBed) (q < 1E-10) | Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-10). |
| Peak-call (BigBed) (q < 1E-20) | Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-20). |