スプライシングパターン

生命科学系データベースアーカイブ

ASTRA

info データ名

スプライシングパターン

info DOI

info データ内容の説明

選択的スプライシング/選択的転写開始のパターン

info データファイル

データファイル名:

astra_splicing_pattern.zip

データのURL:

ファイルサイズ:

1.2 MB

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info データ取得方法

イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所分子遺伝部遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp://cdna01.dna.affrc.go.jp/pub/data/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。
ヒト、マウス、ハエ、アラビドプシスのゲノム配列はNCBI(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/)から取得した。線虫のゲノム配列とイネのドラフトコンティグはサンガーセンター(ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/) とTIGR研究所 (ftp://ftp.tigr.org/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotaion_dbs/pseudomolecules/version_3.0/)から取得した。

info 解析方法

完全長cDNA-ゲノム配列のMEGABLASTマッピング後、エキソン-イントロン構造を1と0にビット変換してスプライシングパターンを検出、タイプ分類。

info データ件数

156,654 件

項目名	項目の説明
ID	スプライシングパターンID
Species	生物種
Locus ID	データベース固有のlocus ID
Region	遺伝子座内のスプライシング領域番号
Splicing pattern	遺伝子座内のスプライシングパターン番号
cDNA ID	データベース固有のcDNA ID
Splicing left	スプライシング領域のゲノム上の位置(左)
Splicing right	スプライシング領域のゲノム上の位置(右)
Splicing pattern	スプライシングパターン(ビット変換) "1"はスプライシング領域を表す
Splicing type	スプライシングタイプ
NAGNAG	NAGNAG(6bpのアクセプターサイト)か否か

このデータベースについて