データ説明 |
| info データ名 | 遺伝子座 |
| info DOI | 10.18908/lsdba.nbdc00371-001 |
| info データ内容の説明 | 遺伝子座と、その中に現れるスプライシングパターン |
| info データファイル |
データファイル名: astra_locus.zip
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| info 簡易検索URL | http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/astra_locus |
| info データ取得方法 | イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所 分子遺伝部 遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp://cdna01.dna.affrc.go.jp/pub/data/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。
ヒト、マウス、ハエ、アラビドプシスのゲノム配列はNCBI(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/)から取得した。線虫のゲノム配列とイネのドラフトコンティグはサンガーセンター(ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/) とTIGR研究所 (ftp://ftp.tigr.org/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotaion_dbs/pseudomolecules/version_3.0/)から取得した。 |
| info 解析方法 | ゲノムへのマップ位置とcDNAのアノテーションを元に遺伝子名を特定 |
| info データ件数 | 17,034 件 |
データ詳細 |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| Locus ID |
データベース固有のlocus ID |
| UniGene ID |
UniGene ID |
| Species |
生物種 |
| Chr. No. |
染色体番号 |
| Strand |
鎖 |
| Matched genome |
遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のDefinition |
| Matched genome (GI) |
遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のGenbank ID |
| Matched genome (RefSeq) |
遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のRefSeq ID |
| Gene name |
遺伝子名 |
| Left |
遺伝子座のゲノム上の位置(左) |
| Right |
遺伝子座のゲノム上の位置(右) |
| GO |
Gene Ontology |
| Variants |
スプライシングバリアントの数 |
| Splicing type |
スプライシングタイプ (例:cassette) |
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