バイオインフォマティクス部門では共同研究の下、以下の解析支援を実施しています。ご希望の方は、FIOC 連携支援室(Eメール:fioc-renkei and ml.res.ncc.go.jp [and をご変更ください])へご連絡ください。

[画像:情報解析支援の流れについての画像]

●くろまる DNA-seq
▷マッピング
◇BWA-mem

▷変異検出
◇SNV/Indel:cisCall、Mutect2
◇コピー数変化:cisCall、cnvkit
◇構造異常:cisCall、Manta

▷注釈付け
◇ANNOVAR, VEP
◇OncoKB, Cancer Genome Interpreter
●くろまる RNA-seq
▷マッピング
◇STAR

▷遺伝子発現量算出
◇FPKM, TPM

▷DEG(differentially expressed genes)解析

●くろまる ChIP-seq
▷マッピング
◇Bowtie2

▷ピークコール
◇MACS

●くろまる メチル化アレイ
▷ベータ値・M値からの解析

●くろまる その他の次世代シークエンス・データ解析
▷TMB(tumor mutation burden)

▷変異シグネチャー解析
◇SigProfiler

▷MSI(microsatellite instability)
◇MSIsensor

▷HRD(homologous recombination deficiency)
◇ShallowHRD, ScarHRD

●くろまる 各種データ解析
▷クラスタリング解析
◇hclust, k-means, 系統樹

▷次元圧縮解析
◇PCA, MDS, tSNE, UMAP

▷パスウェイ・GO(gene ontology)解析
◇DAVID

▷GSEA(gene set enrichment analysis)
◇MSigDB

▷生存時間分析
◇カプランマイヤー曲線
◇log-rank 検定
◇Cox 回帰

▷機械学習
◇Random Forest, xgboost
◇LASSO/ridge 回帰、ガウス過程回帰

▷その他データ解析
◇多変量解析、分散分析、各種検定・推定

▷その他応相談

* 依頼データについては、解析終了後3ヶ月を目処に廃棄します。
* NCC内のクラスタ計算機を使用します。また、必要に応じて東大医科研スーパーコンピュータ、クラウド上計算環境を使用する事も可能です。