GGGenome | ultrafast DNA search

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Database:

Max number of mismatches/gaps mismatches : (no more than 25% of the query length)
Search for: both strand plus strand minus strand

Search example

[ TTCATTGACAACATT ] ...... Search for a nucleotide sequence
How to use in detail ...
Search genes and transcripts by various keywords → Please try
- Example for searching 'nanog' in human: https://GGRNA.dbcls.jp/hs/nanog

URIs

http[s]://GGGenome.dbcls.jp/db/k/[strand]/[nogap]/sequence[.format][.download]
- db: hg19, mm10, dm3, ce10, TAIR10, pombe, refseq, etc. (default: hg19)
  List of available databases
- k: Maximum number of mismatches/gaps. (default: 0)
- strand: '+' ('plus') or '-' ('minus') to search specified strand only. (optional)
- nogap: No gaps. Allow only k mismatches. (optional)
- sequence: Nucleotide sequence, case insensitive.
- format: html, txt, csv, bed, gff, json. (default: html)
- download: Download result as a file. (optional)
Example 1: https://GGGenome.dbcls.jp/TTCATTGACAACATT
- Search TTCATTGACAACATT in
- human genome hg19 (default),
- with perfect matches (default),
- output in html format (default).
Example 2: https://GGGenome.dbcls.jp/mm10/2/+/nogap/TTCATTGACAACATTGCGT.txt
- Search TTCATTGACAACATTGCGT in
- mouse genome mm10,
- allowing 2 mismatches,
- search for + strand only,
- with nogap (allow only mismatches),
- output in tab-delimited txt format.

What's new

2021年08月16日 Database updated to RefSeq rel. 207 (Jul, 2021).
2021年05月10日 The new logo for GGGenome is out.
2021年03月28日 Databases updated to GENCODE human 37 (Feb, 2021) and mouse M26 (Feb, 2021).
2021年03月28日 Database updated to DDBJ rel. 122.0 (Jan, 2021).
2021年02月04日 Database updated to RIKEN D3G 21.01 (Jan, 2021).
2020年11月07日 Mouse genome GRCm39/mm39 (Jun, 2020) is available.
2020年03月21日 SARS-CoV-2 (SARS coronavirus 2) genome is available - Update history
2020年03月21日 Human Japanese Reference Genome JG1 is available.
News archive and Database update history

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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