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He revisado el código, no solo la documentación. Tu trabajo es muy valioso y de calidad, enhorabuena. En relación a redes neuronales, la ausencia de ejemplos ha sido una dificultad. Solo pude usar como ejemplos lo que hay en numpy_ml/neural_nets/models.

Sobre redes neuronales, la principal carencia es la diferenciación automática, lo que obliga a codificar un metodo de backpropagation por cada tipo de capa o módulo. Además impide el uso de funciones de coste personalizadas, cuya derivada no tiene una expresión analítica conocida.

Creo que ya estás trabajando en otros temas, creo que el repositorio no está mantenido. Si alguna vez se vuelve a activar este repositorio o alguien hace fork, sugiero que la parte de redes neuronales incluya diferenciación automatica.