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Bioconductorにおける区間データの表現 1 Rにおける区間データの扱いについて リファレンスゲノム上の区... Bioconductorにおける区間データの表現 1 Rにおける区間データの扱いについて リファレンスゲノム上の区間(short readがアラインメントされた場所,エキソンイントロン構造など)を表すのに,Bioconductorではいくつかのデータ構造を用意しています. 以下ではIRanges,GenomicRanges,GenomicFeaturesというパッケージについて紹介します. GRanges GRangesクラスはGenomicRangesパッケージのクラスで,ゲノム上の区間を要素に持つベクトルというイメージです. IRangesクラスをゲノム用に拡張したものです. GRangesオブジェクトを作成する際には,データフレームのように,必要な特徴をベクトルで与えます. library(GenomicRanges) genes <- GRanges(seqnames=c("3R"