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漁業法第120条において、「海区漁業調整委員会は水産動植物の繁殖保護を図り、漁業権(第60条第1項に規定する漁業権をいう。以下同じ。)又は入漁権(同条第7項に規定する入漁権をいう。次条第1項において同じ。)の行使を適切にし、漁場の使用に関する紛争の防止又は解決を図り、その他漁業調整のために必要があると認めるときは、関係者に対し、水産動植物の採捕に関する制限又は禁止、漁業者の数に関する制限、漁場の使用に関する制限その他必要な指示をすることができる。」と定められています。
指示は漁業法、漁業調整規則等によって固定的に調整することが不適当な案件について発動し、漁業調整の円滑化を図ることを目的とします。