1998年、初夏。とあるカルト組織がポーランドで行った儀式は、巨大な異形の神を呼び込んだ。召喚された神は不完全ながらも強大で、野原を引き裂き、町々を踏み砕き、完全体になるべく聖地を目指し進軍していった。

これに対し、SCP財団、世界オカルト連合、ポーランド政府は協力して実体の討伐に乗り出した。同国プロショビツェに築かれた戦場で決戦が行われ、苛烈な戦いの末に、彼らは神を討つことに成功する。

しかし衆目下での大規模戦闘、そして実体討伐時の奇跡論的バックラッシュでポーランド南部がまるまる吹き飛んでしまったことによって、財団や異常の存在は露見した。これまで「異常」と「正常」を分け隔てていた、神秘のヴェールが破り去られた日だった。

それから長い年月が経った。もはや財団は誰もが知る存在となり、超科学や魔術は我々の日常を構成しつつある。ニュースには亜人種のコメンテーターが登場し、合間のCMではプロメテウス・ラボラトリーズの新商品が高らかに喧伝されている。

一方で、全てが良くなったわけではない。あの日のポーランドで撒かれた火花は全世界に引火し、超常的な事件・災害が度々起こるようになっていた。新しい形の事故や傷病、社会問題が日々ニュースを騒がせ、世界は次第に我々のそれとは異なる形に変貌していく。

これは、新たな世界と対峙し、なおも進んでいく人類の物語。