Index of /goldenPath/xenTro1/database
This directory contains a dump of the UCSC genome annotation
database for the October 2004 assembly of the Xenopus tropicalis
genome (xenTro1, Oct. 2004) from the US DOE Joint Genome Institute
(JGI).
Files included in this directory (updated nightly):
- *.sql files: the MySQL commands used to create the tables.
To see descriptions of the tables underlying Genome Browser annotation
tracks, select the table in the Table Browser:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?db=xenTro1
and click the "describe table schema" button. There is also a "view
table schema" link on the configuration page for each track.
- *.txt.gz files: the database tables in a tab-delimited format
compressed with gzip.
---------------------------------------------------------------
If you plan to download a large file or multiple files from this
directory, we recommend you use ftp rather than downloading the files
via our website. To do so, ftp to hgdownload.cse.ucsc.edu, then go to
the directory goldenPath/xenTro1/database/. To download multiple files,
use the "mget" command:
mget <filename1> <filename2> ...
- or -
mget -a (to download all the files in the directory)
Preliminary drafts of the X. tropicalis sequence are made freely available
before scientific publication by the JGI and the X. tropicalis Genome
Consortium, with the following understanding:
1. The data may be freely downloaded, used in analyses, and repackaged
in databases.
2. Users are free to use the data in scientific papers analyzing
particular genes and regions if the provider of this data
(DOE Joint Genome Institute) is properly acknowledged.
3. Additional shotgun sequencing is ongoing, and future assembly
releases will be made in a timely fashion. We expect to publish an
initial analysis of a high quality draft X. tropicalis genome sequence
in 2005 (with submission targeted for the spring of 2005) which will
include descriptions of the large scale organization of the frog
genome as well as genome-scale comparisons of the frog sequence and
gene set with those of other animals. Others who would like to
coordinate other genome-wide analysis with this work should contact
Paul Richardson (pmrichardson@lbl.gov), JGI. We welcome a coordinated
approach to describing this community resource.
4. Any redistribution of the data should carry this notice.
Name Last modified Size Description
Parent Directory -
all_est.sql 2016年05月15日 11:45 2.1K
all_est.txt.gz 2016年05月15日 11:45 57M
all_mrna.sql 2020年05月11日 17:36 2.1K
all_mrna.txt.gz 2020年05月11日 17:36 2.0M
augustusGene.sql 2015年07月26日 17:28 1.9K
augustusGene.txt.gz 2015年07月26日 17:28 2.4M
bigFiles.sql 2025年10月12日 04:09 1.4K
bigFiles.txt.gz 2025年10月12日 04:09 33
blastHg17KG.sql 2013年10月01日 12:48 1.3K
blastHg17KG.txt.gz 2005年03月05日 05:28 3.2M
blatFr1.sql 2013年10月01日 12:48 1.3K
blatFr1.txt.gz 2004年11月18日 12:20 43M
chainDanRer1.sql 2013年10月01日 12:48 886
chainDanRer1.txt.gz 2004年11月16日 09:43 169M
chainDanRer1Link.sql 2013年10月01日 12:48 585
chainDanRer1Link.txt.gz 2004年11月16日 09:50 710M
chainGalGal2.sql 2013年10月01日 12:48 886
chainGalGal2.txt.gz 2004年11月16日 09:56 11M
chainGalGal2Link.sql 2013年10月01日 12:48 585
chainGalGal2Link.txt.gz 2004年11月16日 09:57 63M
chainHg18.sql 2013年10月01日 12:48 880
chainHg18.txt.gz 2006年04月15日 06:39 57M
chainHg18Link.sql 2013年10月01日 12:48 579
chainHg18Link.txt.gz 2006年04月15日 06:36 253M
chainMm8.sql 2013年10月01日 12:48 812
chainMm8.txt.gz 2006年05月05日 06:35 26M
chainMm8Link.sql 2013年10月01日 12:48 577
chainMm8Link.txt.gz 2006年05月05日 06:32 216M
chromInfo.sql 2013年10月01日 12:48 396
chromInfo.txt.gz 2004年11月16日 10:07 131K
cpgIslandExt.sql 2013年10月01日 12:48 751
cpgIslandExt.txt.gz 2004年11月16日 10:07 842K
cpgIslandExtUnmasked.sql 2014年06月01日 20:17 1.7K
cpgIslandExtUnmasked.txt.gz 2014年06月01日 20:17 906K
cytoBandIdeo.sql 2018年05月13日 08:39 1.5K
cytoBandIdeo.txt.gz 2018年05月13日 08:39 130K
danRer1_netBlastz.sql 2013年10月01日 12:48 675
danRer1_netBlastz.txt.gz 2004年11月16日 10:08 9.2M
estOrientInfo.sql 2016年05月15日 11:45 1.8K
estOrientInfo.txt.gz 2016年05月15日 11:45 16M
extFile.sql 2013年10月01日 12:48 445
extFile.txt.gz 2004年11月16日 10:08 181
galGal2_netBlastz.sql 2013年10月01日 12:48 675
galGal2_netBlastz.txt.gz 2004年11月16日 10:08 3.4M
gap.sql 2013年10月01日 12:48 722
gap.txt.gz 2004年11月16日 10:03 2.2M
gbDelete_tmp.sql 2009年08月19日 15:45 1.3K
gbDelete_tmp.txt.gz 2009年08月19日 15:45 157K
gbLoaded.sql 2020年09月03日 10:13 1.6K
gbLoaded.txt.gz 2020年09月03日 10:13 42K
gc5Base.sql 2013年10月01日 12:48 888
gc5Base.txt.gz 2004年11月16日 10:08 6.8M
genscan.sql 2013年10月01日 12:48 748
genscan.txt.gz 2005年01月09日 05:38 3.0M
genscanPep.sql 2013年10月01日 12:48 330
genscanPep.txt.gz 2004年11月16日 10:09 11M
gold.sql 2013年10月01日 12:48 799
gold.txt.gz 2004年11月16日 10:09 3.3M
grp.sql 2014年03月02日 04:18 1.4K
grp.txt.gz 2014年03月02日 04:18 223
hg17_netBlastz.sql 2013年10月01日 12:48 669
hg17_netBlastz.txt.gz 2004年11月16日 10:09 3.6M
hgFindSpec.sql 2024年03月02日 15:27 1.8K
hgFindSpec.txt.gz 2024年03月02日 15:27 722
history.sql 2010年07月04日 19:18 1.6K
history.txt.gz 2010年07月04日 19:18 494
intronEst.sql 2016年05月15日 11:44 2.1K
intronEst.txt.gz 2016年05月15日 11:44 32M
jgiFilteredModels.sql 2013年10月01日 12:48 768
jgiFilteredModels.txt.gz 2005年03月20日 05:03 1.8M
mgcFullMrna.sql 2020年03月01日 09:23 2.1K
mgcFullMrna.txt.gz 2020年03月01日 09:23 957K
mgcGenes.sql 2020年03月01日 09:23 1.9K
mgcGenes.txt.gz 2020年03月01日 09:23 792K
mm5_netBlastz.sql 2013年10月01日 12:48 667
mm5_netBlastz.txt.gz 2004年11月16日 10:09 3.6M
mostConserved.sql 2013年10月01日 12:48 650
mostConserved.txt.gz 2004年11月16日 10:09 7.8M
mrnaOrientInfo.sql 2020年05月11日 17:36 1.8K
mrnaOrientInfo.txt.gz 2020年05月11日 17:36 380K
multiz5way.sql 2013年10月01日 12:48 661
multiz5way.txt.gz 2004年11月16日 10:10 25M
netDanRer1.sql 2013年10月01日 12:48 1.3K
netDanRer1.txt.gz 2004年11月16日 10:10 24M
netGalGal2.sql 2013年10月01日 12:48 1.3K
netGalGal2.txt.gz 2004年11月16日 10:10 6.9M
netHg18.sql 2013年10月01日 12:48 1.3K
netHg18.txt.gz 2006年04月15日 06:38 5.9M
netMm8.sql 2013年10月01日 12:48 1.3K
netMm8.txt.gz 2006年05月05日 06:29 6.0M
phastCons5.sql 2013年10月01日 12:48 894
phastCons5.txt.gz 2004年11月16日 10:11 14M
rmsk.sql 2013年10月01日 12:48 1.1K
rmsk.txt.gz 2004年11月16日 10:11 26M
simpleRepeat.sql 2013年10月01日 12:48 1.1K
simpleRepeat.txt.gz 2004年11月16日 10:12 15M
tableDescriptions.sql 2025年10月11日 09:44 1.5K
tableDescriptions.txt.gz 2025年10月11日 09:44 5.7K
tableList.sql 2025年10月12日 04:09 1.6K
tableList.txt.gz 2025年10月12日 04:09 3.3K
trackDb.sql 2024年03月02日 15:27 2.1K
trackDb.txt.gz 2024年03月02日 15:27 30K
xenoRefFlat.sql 2020年09月03日 10:13 1.7K
xenoRefFlat.txt.gz 2020年09月03日 10:13 32M
xenoRefGene.sql 2020年09月03日 10:13 2.0K
xenoRefGene.txt.gz 2020年09月03日 10:13 35M
xenoRefSeqAli.sql 2020年09月03日 10:13 2.1K
xenoRefSeqAli.txt.gz 2020年09月03日 10:13 34M