Index of /goldenPath/tetNig2/database

This directory contains a dump of the UCSC genome annotation database for
the Mar. 2007 assembly of the tetraodon genome
(tetNig2, Genoscope Tetraodon v8.0 (NCBI project 12350, CAAE01000000)).
The annotations were generated by UCSC and collaborators worldwide.
This assembly was produced by Genoscope - Centre National de S駲uen軋ge
and the Broad Institute.
For more information on the tetraodon genome, see the project website:
http://www.genoscope.cns.fr/spip/
http://www.genoscope.cns.fr/spip/Tetraodon-nigroviridis-a-fish-with.html
http://www.broadinstitute.org/annotation/tetraodon/background.html
Files included in this directory (updated nightly):
 - *.sql files: the MySQL commands used to create the tables
 - *.txt.gz files: the database tables in a tab-delimited format
 compressed with gzip.
To see descriptions of the tables underlying Genome Browser annotation
tracks, select the table in the Table Browser:
 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?db=tetNig2
and click the "describe table schema" button. There is also a "view
table schema" link on the configuration page for each track.
---------------------------------------------------------------
If you plan to download a large file or multiple files from this 
directory, we recommend you use ftp rather than downloading the files 
via our website. To do so, ftp to hgdownload.cse.ucsc.edu, then go to 
the directory goldenPath/tetNig2/database/. To download multiple 
files, use the "mget" command:
 mget <filename1> <filename2> ...
 - or -
 mget -a (to download all the files in the directory) 
Alternate methods to ftp access.
Using an rsync command to download the entire directory:
 rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/tetNig2/database/ .
For a single file, e.g. gc5BaseBw.txt.gz
 rsync -avzP 
 rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/tetNig2/database/gc5BaseBw.txt.gz .
Or with wget, all files:
 wget --timestamping 
 'ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/tetNig2/database/*'
With wget, a single file: 
 wget --timestamping 
 'ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/tetNig2/database/gc5BaseBw.txt.gz' 
 -O gc5BaseBw.txt.gz
Please note that some files contents, such as this example gc5BaseBw.txt.gz,
will point to the data being hosted in another /gbdb/ location, which
refers to ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/gbdb/
To uncompress the *.txt.gz files:
 gunzip <table>.txt.gz
The tables can be loaded directly from the .txt.gz compressed file.
It is not necessary to uncompress them to load into a database,
as shown in the example below.
To load one of the tables directly into your local mirror database,
for example the table chromInfo:
## create table from the sql definition
$ hgsql tetNig2 < chromInfo.sql
## load data from the txt.gz file
$ zcat chromInfo.txt.gz | hgsql tetNig2 --local-infile=1 
 -e 'LOAD DATA LOCAL INFILE "/dev/stdin" INTO TABLE chromInfo;'
The Tetraodon sequence has been freely provided by Genoscope before
publication for use in the UCSC Genome Browser with the following
understanding:
1. The data may be freely downloaded, used in analyses, and repackaged
 in databases.
2. Users are free to use the data in scientific papers analyzing particular
 genes and regions, provided that the Genoscope is properly acknowledged.
3. Genoscope reserves the right to publish the initial large-scale analyses
 of the dataset, including large-scale identification of regions of
 evolutionary conservation and large-scale genomic assembly. Large-scale
 refers to regions with size on the order of a Tetraodon chromosome (that
 is, 5 Mb or more).
4. Any redistribution of the data should carry this notice.

 Name Last modified Size Description 
 Parent Directory - 
 all_mrna.sql 2019年10月20日 12:03 2.1K 
 all_mrna.txt.gz 2019年10月20日 12:03 4.2M 
 augustusGene.sql 2015年07月26日 17:28 1.9K 
 augustusGene.txt.gz 2015年07月26日 17:28 2.5M 
 bigFiles.sql 2025年10月12日 03:45 1.4K 
 bigFiles.txt.gz 2025年10月12日 03:45 33 
 blastHg18KG.sql 2010年03月10日 13:27 2.3K 
 blastHg18KG.txt.gz 2010年03月10日 13:27 2.8M 
 chainDanRer7.sql 2011年03月24日 09:27 1.6K 
 chainDanRer7.txt.gz 2011年03月24日 09:28 24M 
 chainDanRer7Link.sql 2011年03月24日 09:25 1.5K 
 chainDanRer7Link.txt.gz 2011年03月24日 09:26 88M 
 chainFr3.sql 2012年05月28日 15:09 1.6K 
 chainFr3.txt.gz 2012年05月28日 15:09 12M 
 chainFr3Link.sql 2012年05月28日 15:09 1.5K 
 chainFr3Link.txt.gz 2012年05月28日 15:10 106M 
 chainGalGal6.sql 2019年01月20日 20:24 1.7K 
 chainGalGal6.txt.gz 2019年01月20日 20:24 4.9M 
 chainGalGal6Link.sql 2019年01月20日 20:24 1.5K 
 chainGalGal6Link.txt.gz 2019年01月20日 20:24 34M 
 chainGasAcu1.sql 2010年03月10日 13:33 1.6K 
 chainGasAcu1.txt.gz 2010年03月10日 13:33 16M 
 chainGasAcu1Link.sql 2010年03月10日 13:34 1.5K 
 chainGasAcu1Link.txt.gz 2010年03月10日 13:34 83M 
 chainHg19.sql 2010年03月10日 13:26 1.8K 
 chainHg19.txt.gz 2010年03月10日 13:26 6.9M 
 chainHg19Link.sql 2010年03月10日 13:30 1.5K 
 chainHg19Link.txt.gz 2010年03月10日 13:30 42M 
 chainMm10.sql 2013年10月27日 22:09 1.7K 
 chainMm10.txt.gz 2013年10月27日 22:09 3.9M 
 chainMm10Link.sql 2013年10月27日 22:09 1.5K 
 chainMm10Link.txt.gz 2013年10月27日 22:09 28M 
 chainOryLat2.sql 2010年03月10日 13:26 1.6K 
 chainOryLat2.txt.gz 2010年03月10日 13:26 21M 
 chainOryLat2Link.sql 2010年03月10日 13:34 1.5K 
 chainOryLat2Link.txt.gz 2010年03月10日 13:35 128M 
 chr1_mrna.sql 2016年07月03日 09:13 2.1K 
 chr1_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:13 281K 
 chr1_random_mrna.sql 2016年07月03日 09:15 2.1K 
 chr1_random_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:15 8.7K 
 chr2_mrna.sql 2016年07月03日 09:14 2.1K 
 chr2_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:14 219K 
 chr2_random_mrna.sql 2016年07月03日 09:13 2.1K 
 chr2_random_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:13 19K 
 chr3_mrna.sql 2016年07月03日 09:15 2.1K 
 chr3_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:15 335K 
 chr4_mrna.sql 2019年10月20日 12:03 2.1K 
 chr4_mrna.txt.gz 2019年10月20日 12:03 127K 
 chr5_mrna.sql 2016年07月03日 09:13 2.1K 
 chr5_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:13 236K 
 chr6_mrna.sql 2016年07月03日 09:14 2.1K 
 chr6_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:14 68K 
 chr7_mrna.sql 2016年07月03日 09:15 2.1K 
 chr7_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:15 144K 
 chr8_mrna.sql 2016年07月03日 09:14 2.1K 
 chr8_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:14 125K 
 chr9_mrna.sql 2016年12月04日 09:06 2.1K 
 chr9_mrna.txt.gz 2016年12月04日 09:06 127K 
 chr10_mrna.sql 2016年07月03日 09:13 2.1K 
 chr10_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:13 123K 
 chr11_mrna.sql 2016年07月03日 09:14 2.1K 
 chr11_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:14 130K 
 chr12_mrna.sql 2016年07月03日 09:13 2.1K 
 chr12_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:13 115K 
 chr13_mrna.sql 2016年07月03日 09:13 2.1K 
 chr13_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:13 242K 
 chr14_mrna.sql 2016年07月03日 09:13 2.1K 
 chr14_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:13 140K 
 chr15_mrna.sql 2016年07月03日 09:14 2.1K 
 chr15_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:14 103K 
 chr15_random_mrna.sql 2016年07月03日 09:15 2.1K 
 chr15_random_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:15 31K 
 chr16_mrna.sql 2016年12月04日 09:06 2.1K 
 chr16_mrna.txt.gz 2016年12月04日 09:06 156K 
 chr17_mrna.sql 2016年07月03日 09:13 2.1K 
 chr17_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:13 97K 
 chr18_mrna.sql 2016年07月03日 09:14 2.1K 
 chr18_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:14 165K 
 chr19_mrna.sql 2016年07月03日 09:14 2.1K 
 chr19_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:14 48K 
 chr20_mrna.sql 2016年07月03日 09:13 2.1K 
 chr20_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:13 24K 
 chr21_mrna.sql 2016年07月03日 09:15 2.1K 
 chr21_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:15 77K 
 chr21_random_mrna.sql 2016年07月03日 09:13 2.1K 
 chr21_random_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:13 34K 
 chrM_mrna.sql 2016年07月03日 09:13 2.1K 
 chrM_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:13 4.3K 
 chrUn_random_mrna.sql 2016年07月03日 09:15 2.1K 
 chrUn_random_mrna.txt.gz 2016年07月03日 09:15 1.1M 
 chromAlias.sql 2018年08月05日 09:35 1.4K 
 chromAlias.txt.gz 2018年08月05日 09:35 178 
 chromInfo.sql 2010年03月10日 13:35 1.3K 
 chromInfo.txt.gz 2010年03月10日 13:35 274 
 cpgIslandExt.sql 2010年03月10日 13:27 1.6K 
 cpgIslandExt.txt.gz 2010年03月10日 13:27 774K 
 cpgIslandExtUnmasked.sql 2014年06月01日 20:09 1.7K 
 cpgIslandExtUnmasked.txt.gz 2014年06月01日 20:09 1.0M 
 cytoBandIdeo.sql 2013年04月28日 22:33 1.5K 
 cytoBandIdeo.txt.gz 2013年04月28日 22:33 473 
 ensGene.sql 2021年05月25日 14:50 1.9K 
 ensGene.txt.gz 2021年05月25日 14:50 2.1M 
 ensGtp.sql 2021年05月25日 14:50 1.4K 
 ensGtp.txt.gz 2021年05月25日 14:50 217K 
 ensPep.sql 2021年05月25日 14:53 1.3K 
 ensPep.txt.gz 2021年05月25日 14:53 6.9M 
 ensemblSource.sql 2021年05月25日 14:53 1.4K 
 ensemblSource.txt.gz 2021年05月25日 14:53 64K 
 ensemblToGeneName.sql 2021年05月25日 14:50 1.4K 
 ensemblToGeneName.txt.gz 2021年05月25日 14:50 130K 
 gap.sql 2010年03月10日 13:26 1.6K 
 gap.txt.gz 2010年03月10日 13:26 437K 
 gaze.sql 2010年03月10日 13:31 1.6K 
 gaze.txt.gz 2010年03月10日 13:31 1.8M 
 gazePep.sql 2010年03月10日 13:34 1.3K 
 gazePep.txt.gz 2010年03月10日 13:34 6.1M 
 gbLoaded.sql 2020年08月20日 14:43 1.6K 
 gbLoaded.txt.gz 2020年08月20日 14:43 15K 
 gc5Base.sql 2010年03月10日 13:26 1.9K 
 gc5Base.txt.gz 2010年03月10日 13:26 1.4M 
 genscan.sql 2013年12月10日 06:25 1.7K 
 genscan.txt.gz 2013年12月10日 06:25 1.2M 
 gold.sql 2010年03月10日 13:26 1.7K 
 gold.txt.gz 2010年03月10日 13:26 297K 
 grp.sql 2014年03月02日 04:18 1.4K 
 grp.txt.gz 2014年03月02日 04:18 199 
 hgFindSpec.sql 2024年03月02日 15:26 1.8K 
 hgFindSpec.txt.gz 2024年03月02日 15:26 924 
 history.sql 2010年03月10日 13:26 1.6K 
 history.txt.gz 2010年03月10日 13:26 1.3K 
 microsat.sql 2015年08月24日 02:42 1.5K 
 microsat.txt.gz 2015年08月24日 02:42 223K 
 mrnaOrientInfo.sql 2019年10月20日 12:05 1.8K 
 mrnaOrientInfo.txt.gz 2019年10月20日 12:05 876K 
 nestedRepeats.sql 2010年03月10日 13:27 2.0K 
 nestedRepeats.txt.gz 2010年03月10日 13:27 52K 
 netDanRer7.sql 2011年03月24日 09:25 2.0K 
 netDanRer7.txt.gz 2011年03月24日 09:25 7.6M 
 netFr3.sql 2012年05月28日 15:09 2.0K 
 netFr3.txt.gz 2012年05月28日 15:09 12M 
 netGalGal6.sql 2019年01月20日 20:24 2.1K 
 netGalGal6.txt.gz 2019年01月20日 20:24 5.1M 
 netGasAcu1.sql 2010年03月10日 13:30 2.0K 
 netGasAcu1.txt.gz 2010年03月10日 13:31 9.8M 
 netHg19.sql 2010年03月10日 13:26 2.3K 
 netHg19.txt.gz 2010年03月10日 13:26 5.0M 
 netMm10.sql 2013年10月27日 22:09 2.1K 
 netMm10.txt.gz 2013年10月27日 22:09 4.7M 
 netOryLat2.sql 2010年03月10日 13:28 2.0K 
 netOryLat2.txt.gz 2010年03月10日 13:29 11M 
 simpleRepeat.sql 2010年03月10日 13:28 2.0K 
 simpleRepeat.txt.gz 2010年03月10日 13:28 3.5M 
 tRNAs.sql 2012年04月16日 05:37 1.7K 
 tRNAs.txt.gz 2012年04月16日 05:37 13K 
 tableDescriptions.sql 2025年10月11日 09:39 1.5K 
 tableDescriptions.txt.gz 2025年10月11日 09:39 5.8K 
 tableList.sql 2025年10月12日 03:45 1.6K 
 tableList.txt.gz 2025年10月12日 03:45 5.1K 
 trackDb.sql 2024年03月02日 15:26 2.1K 
 trackDb.txt.gz 2024年03月02日 15:26 42K 
 windowmaskerSdust.sql 2010年03月10日 13:26 1.5K 
 windowmaskerSdust.txt.gz 2010年03月10日 13:26 15M 
 xenoMrna.sql 2020年08月20日 14:18 2.1K 
 xenoMrna.txt.gz 2020年08月20日 14:18 196M 
 xenoRefFlat.sql 2020年08月20日 14:43 1.7K 
 xenoRefFlat.txt.gz 2020年08月20日 14:43 20M 
 xenoRefGene.sql 2020年08月20日 14:43 2.0K 
 xenoRefGene.txt.gz 2020年08月20日 14:43 22M 
 xenoRefSeqAli.sql 2020年08月20日 14:43 2.1K 
 xenoRefSeqAli.txt.gz 2020年08月20日 14:43 18M