Index of /goldenPath/tarSyr2/database
This directory contains a dump of the UCSC genome annotation database for the
Sep. 2013 (Tarsius_syrichta-2.0.1/tarSyr2) assembly of the tarsier genome
(tarSyr2, Washington University) .
The annotations were generated by UCSC and collaborators worldwide.
For more information about this assembly, please note the NCBI resources:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/766
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/784738
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/20339
Files included in this directory (updated nightly):
- *.sql files: the MySQL commands used to create the tables
- *.txt.gz files: the database tables in a tab-delimited format
compressed with gzip.
To see descriptions of the tables underlying Genome Browser annotation
tracks, select the table in the Table Browser:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?db=tarSyr2
and click the "describe table schema" button. There is also a "view
table schema" link on the configuration page for each track.
---------------------------------------------------------------
If you plan to download a large file or multiple files from this
directory, we recommend you use ftp rather than downloading the files
via our website. To do so, ftp to hgdownload.cse.ucsc.edu, then go to
the directory goldenPath/tarSyr2/database/. To download multiple
files, use the "mget" command:
mget <filename1> <filename2> ...
- or -
mget -a (to download all the files in the directory)
Alternate methods to ftp access.
Using an rsync command to download the entire directory:
rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/tarSyr2/database/ .
For a single file, e.g. gc5BaseBw.txt.gz
rsync -avzP
rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/tarSyr2/database/gc5BaseBw.txt.gz .
Or with wget, all files:
wget --timestamping
'ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/tarSyr2/database/*'
With wget, a single file:
wget --timestamping
'ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/tarSyr2/database/gc5BaseBw.txt.gz'
-O gc5BaseBw.txt.gz
Please note that some files contents, such as this example gc5BaseBw.txt.gz,
will point to the data being hosted in another /gbdb/ location, which
refers to ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/gbdb/
To uncompress the *.txt.gz files:
gunzip <table>.txt.gz
The tables can be loaded directly from the .txt.gz compressed file.
It is not necessary to uncompress them to load into a database,
as shown in the example below.
To load one of the tables directly into your local mirror database,
for example the table chromInfo:
## create table from the sql definition
$ hgsql tarSyr2 < chromInfo.sql
## load data from the txt.gz file
$ zcat chromInfo.txt.gz | hgsql tarSyr2 --local-infile=1
-e 'LOAD DATA LOCAL INFILE "/dev/stdin" INTO TABLE chromInfo;'
The Tarsier sequence is made freely available to the community by the
Genome Sequencing Center, Washington University School of Medicine, with
the following understanding:
1. The data may be freely downloaded, used in analyses, and repackaged in
databases.
2. Users are free to use the data in scientific papers analyzing these data
if the providers of these data are properly acknowledged. See
http://genome.ucsc.edu/goldenPath/credits.html for credit information.
3. The centers producing the data reserve the right to publish the initial
large-scale analyses of the data set, including large-scale identification
of regions of evolutionary conservation and large-scale genomic assembly.
Large-scale refers to regions with size on the order of a chromosome (that
is, 30 Mb or more).
4. Any redistribution of the data should carry this notice.
-----------------------------------------------------------------------------
GenBank Data Usage
The GenBank database is designed to provide and encourage access within
the scientific community to the most up to date and comprehensive DNA
sequence information. Therefore, NCBI places no restrictions on the use
or distribution of the GenBank data. However, some submitters may claim
patent, copyright, or other intellectual property rights in all or a
portion of the data they have submitted. NCBI is not in a position to
assess the validity of such claims, and therefore cannot provide comment
or unrestricted permission concerning the use, copying, or distribution
of the information contained in GenBank.
-----------------------------------------------------------------------------
All the files and tables in this directory are freely usable for any purpose.
Name Last modified Size Description
Parent Directory -
all_mrna.sql 2016年09月18日 11:23 2.1K
all_mrna.txt.gz 2016年09月18日 11:23 33
augustusGene.sql 2015年07月26日 17:28 1.9K
augustusGene.txt.gz 2015年07月26日 17:28 2.2M
bigFiles.sql 2025年10月12日 04:06 1.4K
bigFiles.txt.gz 2025年10月12日 04:06 95
chainCalJac3.sql 2015年05月25日 10:38 1.7K
chainCalJac3.txt.gz 2015年05月25日 10:38 252M
chainCalJac3Link.sql 2015年05月25日 10:39 1.5K
chainCalJac3Link.txt.gz 2015年05月25日 10:41 1.1G
chainCanFam3.sql 2015年05月25日 10:48 1.7K
chainCanFam3.txt.gz 2015年05月25日 10:48 276M
chainCanFam3Link.sql 2015年05月25日 10:58 1.5K
chainCanFam3Link.txt.gz 2015年05月25日 10:59 1.1G
chainChlSab2.sql 2016年10月30日 10:11 1.7K
chainChlSab2.txt.gz 2016年10月30日 10:12 270M
chainChlSab2Link.sql 2016年10月30日 10:13 1.5K
chainChlSab2Link.txt.gz 2016年10月30日 10:14 1.2G
chainGorGor3.sql 2015年05月25日 11:04 1.7K
chainGorGor3.txt.gz 2015年05月25日 11:05 240M
chainGorGor3Link.sql 2015年05月25日 11:09 1.5K
chainGorGor3Link.txt.gz 2015年05月25日 11:11 1.0G
chainHg38.sql 2015年05月25日 10:45 1.7K
chainHg38.txt.gz 2015年05月25日 10:46 619M
chainHg38Link.sql 2015年05月25日 10:49 1.5K
chainHg38Link.txt.gz 2015年05月25日 10:51 1.8G
chainMacFas5.sql 2016年04月10日 03:34 1.7K
chainMacFas5.txt.gz 2016年04月10日 03:34 276M
chainMacFas5Link.sql 2016年04月10日 03:35 1.5K
chainMacFas5Link.txt.gz 2016年04月10日 03:36 1.2G
chainMicMur2.sql 2016年02月15日 01:46 1.7K
chainMicMur2.txt.gz 2016年02月15日 01:47 217M
chainMicMur2Link.sql 2016年02月15日 01:41 1.5K
chainMicMur2Link.txt.gz 2016年02月15日 01:42 1.0G
chainMm10.sql 2015年05月25日 11:15 1.7K
chainMm10.txt.gz 2015年05月25日 11:15 86M
chainMm10Link.sql 2015年05月25日 11:15 1.5K
chainMm10Link.txt.gz 2015年05月25日 11:16 581M
chainMm39.sql 2020年11月24日 02:14 1.7K
chainMm39.txt.gz 2020年11月24日 02:14 59M
chainMm39Link.sql 2020年11月24日 02:18 1.6K
chainMm39Link.txt.gz 2020年11月24日 02:18 484M
chainNasLar1.sql 2017年03月13日 13:59 1.7K
chainNasLar1.txt.gz 2017年03月13日 14:02 223M
chainNasLar1Link.sql 2017年03月13日 14:09 1.5K
chainNasLar1Link.txt.gz 2017年03月13日 14:20 953M
chainNomLeu3.sql 2015年05月25日 11:18 1.7K
chainNomLeu3.txt.gz 2015年05月25日 11:18 265M
chainNomLeu3Link.sql 2015年05月25日 11:19 1.5K
chainNomLeu3Link.txt.gz 2015年05月25日 11:21 1.1G
chainOtoGar3.sql 2015年05月25日 11:25 1.7K
chainOtoGar3.txt.gz 2015年05月25日 11:28 2.8G
chainOtoGar3Link.sql 2015年05月25日 11:36 1.5K
chainOtoGar3Link.txt.gz 2015年05月25日 11:46 7.5G
chainPanPan1.sql 2015年07月06日 11:22 1.7K
chainPanPan1.txt.gz 2015年07月06日 11:22 121M
chainPanPan1Link.sql 2015年07月06日 11:22 1.5K
chainPanPan1Link.txt.gz 2015年07月06日 11:23 795M
chainPanTro4.sql 2015年05月25日 12:17 1.7K
chainPanTro4.txt.gz 2015年05月25日 12:17 289M
chainPanTro4Link.sql 2015年05月25日 12:18 1.5K
chainPanTro4Link.txt.gz 2015年05月25日 12:20 1.2G
chainPapAnu2.sql 2015年05月25日 12:24 1.7K
chainPapAnu2.txt.gz 2015年05月25日 12:24 123M
chainPapAnu2Link.sql 2015年05月25日 12:25 1.5K
chainPapAnu2Link.txt.gz 2015年05月25日 12:26 834M
chainPonAbe2.sql 2015年05月25日 12:29 1.7K
chainPonAbe2.txt.gz 2015年05月25日 12:29 325M
chainPonAbe2Link.sql 2015年05月25日 12:30 1.5K
chainPonAbe2Link.txt.gz 2015年05月25日 12:32 1.4G
chainRheMac3.sql 2015年05月25日 12:37 1.7K
chainRheMac3.txt.gz 2015年05月25日 12:38 253M
chainRheMac3Link.sql 2015年05月25日 12:38 1.5K
chainRheMac3Link.txt.gz 2015年05月25日 12:40 1.1G
chainRhiRox1.sql 2019年02月17日 03:27 1.7K
chainRhiRox1.txt.gz 2019年02月17日 03:27 305M
chainRhiRox1Link.sql 2019年02月17日 03:28 1.5K
chainRhiRox1Link.txt.gz 2019年02月17日 03:29 1.2G
chainRn6.sql 2017年03月28日 07:28 1.7K
chainRn6.txt.gz 2017年03月28日 07:31 348M
chainRn6Link.sql 2017年03月28日 07:51 1.5K
chainRn6Link.txt.gz 2017年03月28日 08:14 1.7G
chainSaiBol1.sql 2015年05月25日 12:44 1.7K
chainSaiBol1.txt.gz 2015年05月25日 12:44 198M
chainSaiBol1Link.sql 2015年05月25日 12:45 1.5K
chainSaiBol1Link.txt.gz 2015年05月25日 12:46 933M
chainTupBel1.sql 2015年05月25日 12:50 1.7K
chainTupBel1.txt.gz 2015年05月25日 12:50 461M
chainTupBel1Link.sql 2015年05月25日 12:51 1.5K
chainTupBel1Link.txt.gz 2015年05月25日 12:53 1.3G
chromAlias.sql 2018年02月04日 09:36 1.4K
chromAlias.txt.gz 2018年02月04日 09:36 3.3M
chromInfo.sql 2015年04月02日 12:52 1.4K
chromInfo.txt.gz 2015年04月02日 12:52 1.6M
cpgIslandExt.sql 2015年04月02日 12:52 1.7K
cpgIslandExt.txt.gz 2015年04月02日 12:52 872K
cpgIslandExtUnmasked.sql 2015年04月02日 12:52 1.7K
cpgIslandExtUnmasked.txt.gz 2015年04月02日 12:52 1.5M
cytoBandIdeo.sql 2015年04月02日 12:52 1.5K
cytoBandIdeo.txt.gz 2015年04月02日 12:52 1.6M
ensGene.sql 2021年05月25日 14:50 1.9K
ensGene.txt.gz 2021年05月25日 14:50 2.3M
ensGtp.sql 2021年05月25日 14:50 1.4K
ensGtp.txt.gz 2021年05月25日 14:50 379K
ensPep.sql 2021年05月25日 14:54 1.3K
ensPep.txt.gz 2021年05月25日 14:54 9.2M
ensemblSource.sql 2021年05月25日 14:54 1.4K
ensemblSource.txt.gz 2021年05月25日 14:54 110K
ensemblToGeneName.sql 2021年05月25日 14:50 1.4K
ensemblToGeneName.txt.gz 2021年05月25日 14:50 202K
extFile.sql 2015年05月25日 12:58 1.4K
extFile.txt.gz 2015年05月25日 12:58 81
extNcbiRefSeq.sql 2020年05月10日 03:29 1.4K
extNcbiRefSeq.txt.gz 2020年05月10日 03:29 90
gap.sql 2015年04月02日 12:52 1.6K
gap.txt.gz 2015年04月02日 12:52 1.8M
gbLoaded.sql 2020年08月20日 13:48 1.6K
gbLoaded.txt.gz 2020年08月20日 13:48 19K
gc5BaseBw.sql 2015年04月02日 12:53 1.3K
gc5BaseBw.txt.gz 2015年04月02日 12:53 66
genscan.sql 2015年04月02日 12:52 1.7K
genscan.txt.gz 2015年04月02日 12:52 3.5M
genscanSubopt.sql 2015年04月02日 12:53 1.6K
genscanSubopt.txt.gz 2015年04月02日 12:53 7.7M
gold.sql 2015年04月02日 12:53 1.7K
gold.txt.gz 2015年04月02日 12:53 5.6M
grp.sql 2015年04月02日 12:52 1.3K
grp.txt.gz 2015年04月02日 12:52 213
hgFindSpec.sql 2024年03月02日 15:25 1.8K
hgFindSpec.txt.gz 2024年03月02日 15:25 1.2K
history.sql 2015年04月02日 12:52 1.6K
history.txt.gz 2015年04月02日 12:52 2.0K
microsat.sql 2015年08月24日 02:25 1.5K
microsat.txt.gz 2015年08月24日 02:25 755K
mrnaOrientInfo.sql 2016年09月18日 11:23 1.8K
mrnaOrientInfo.txt.gz 2016年09月18日 11:23 39
multiz20way.sql 2015年05月25日 12:58 1.5K
multiz20way.txt.gz 2015年05月25日 12:59 392M
multiz20wayFrames.sql 2015年05月25日 13:00 1.7K
multiz20wayFrames.txt.gz 2015年05月25日 13:00 20M
multiz20waySummary.sql 2015年05月25日 13:00 1.6K
multiz20waySummary.txt.gz 2015年05月25日 13:00 7.4M
ncbiRefSeq.sql 2020年05月10日 03:29 1.9K
ncbiRefSeq.txt.gz 2020年05月10日 03:29 2.3M
ncbiRefSeqCds.sql 2020年05月10日 03:29 1.3K
ncbiRefSeqCds.txt.gz 2020年05月10日 03:29 217K
ncbiRefSeqCurated.sql 2020年05月10日 03:29 2.0K
ncbiRefSeqCurated.txt.gz 2020年05月10日 03:29 325
ncbiRefSeqLink.sql 2020年05月10日 03:29 2.0K
ncbiRefSeqLink.txt.gz 2020年05月10日 03:29 1.0M
ncbiRefSeqOther.sql 2020年05月10日 03:29 1.3K
ncbiRefSeqOther.txt.gz 2020年05月10日 03:29 75
ncbiRefSeqPepTable.sql 2020年05月10日 03:29 1.4K
ncbiRefSeqPepTable.txt.gz 2020年05月10日 03:29 7.3M
ncbiRefSeqPredicted.sql 2020年05月10日 03:29 2.0K
ncbiRefSeqPredicted.txt.gz 2020年05月10日 03:29 2.3M
ncbiRefSeqPsl.sql 2020年05月10日 03:29 2.1K
ncbiRefSeqPsl.txt.gz 2020年05月10日 03:29 2.7M
nestedRepeats.sql 2015年04月02日 12:52 1.9K
nestedRepeats.txt.gz 2015年04月02日 12:52 18M
netCalJac3.sql 2015年05月25日 13:00 2.1K
netCalJac3.txt.gz 2015年05月25日 13:01 69M
netCanFam3.sql 2015年05月25日 13:01 2.1K
netCanFam3.txt.gz 2015年05月25日 13:01 82M
netChlSab2.sql 2016年10月30日 10:18 2.1K
netChlSab2.txt.gz 2016年10月30日 10:19 66M
netGorGor3.sql 2015年05月25日 13:02 2.1K
netGorGor3.txt.gz 2015年05月25日 13:02 64M
netHg38.sql 2015年05月25日 13:03 2.1K
netHg38.txt.gz 2015年05月25日 13:03 64M
netMacFas5.sql 2016年04月10日 03:41 2.1K
netMacFas5.txt.gz 2016年04月10日 03:42 66M
netMicMur2.sql 2016年02月15日 01:47 2.1K
netMicMur2.txt.gz 2016年02月15日 01:47 68M
netMm10.sql 2015年05月25日 13:04 2.1K
netMm10.txt.gz 2015年05月25日 13:04 71M
netMm39.sql 2020年11月24日 02:23 2.1K
netMm39.txt.gz 2020年11月24日 02:23 71M
netNasLar1.sql 2017年03月13日 13:55 2.1K
netNasLar1.txt.gz 2017年03月13日 13:57 68M
netNomLeu3.sql 2015年05月25日 13:05 2.1K
netNomLeu3.txt.gz 2015年05月25日 13:05 66M
netOtoGar3.sql 2015年05月25日 13:00 2.1K
netOtoGar3.txt.gz 2015年05月25日 13:00 81M
netPanPan1.sql 2015年07月06日 11:27 2.1K
netPanPan1.txt.gz 2015年07月06日 11:27 65M
netPanTro4.sql 2015年05月25日 13:01 2.1K
netPanTro4.txt.gz 2015年05月25日 13:01 64M
netPapAnu2.sql 2015年05月25日 13:02 2.1K
netPapAnu2.txt.gz 2015年05月25日 13:02 67M
netPonAbe2.sql 2015年05月25日 13:03 2.1K
netPonAbe2.txt.gz 2015年05月25日 13:03 66M
netRheMac3.sql 2015年05月25日 13:05 2.1K
netRheMac3.txt.gz 2015年05月25日 13:05 67M
netRhiRox1.sql 2019年02月17日 03:34 2.1K
netRhiRox1.txt.gz 2019年02月17日 03:34 68M
netRn6.sql 2017年03月28日 07:44 2.1K
netRn6.txt.gz 2017年03月28日 07:46 82M
netSaiBol1.sql 2015年05月25日 13:02 2.1K
netSaiBol1.txt.gz 2015年05月25日 13:02 66M
netTupBel1.sql 2015年05月25日 13:04 2.1K
netTupBel1.txt.gz 2015年05月25日 13:04 70M
phastCons20way.sql 2015年05月25日 13:05 1.8K
phastCons20way.txt.gz 2015年05月25日 13:05 82M
phastConsElements20way.sql 2015年05月25日 13:06 1.6K
phastConsElements20way.txt.gz 2015年05月25日 13:06 6.7M
phyloP20way.sql 2015年05月25日 13:06 1.8K
phyloP20way.txt.gz 2015年05月25日 13:06 96M
rmsk.sql 2015年04月02日 12:52 1.9K
rmsk.txt.gz 2015年04月02日 12:52 161M
seqNcbiRefSeq.sql 2020年05月10日 03:29 1.5K
seqNcbiRefSeq.txt.gz 2020年05月10日 03:29 546K
simpleRepeat.sql 2015年04月02日 12:53 1.9K
simpleRepeat.txt.gz 2015年04月02日 12:53 28M
tableDescriptions.sql 2025年10月11日 09:38 1.5K
tableDescriptions.txt.gz 2025年10月11日 09:38 9.0K
tableList.sql 2025年10月12日 04:06 1.6K
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