Index of /goldenPath/papAnu2/database

This directory contains a dump of the UCSC genome annotation database for
the Mar. 2012 (Baylor Panu_2.0/papAnu2) assembly of the baboon genome (papAnu2, Baylor College of Medicine).
The annotations were generated by UCSC and collaborators worldwide.
For more information about this assembly, please note the NCBI resources:
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/394
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/assembly/383538
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/54005
Files included in this directory (updated nightly):
 - *.sql files: the MySQL commands used to create the tables
 - *.txt.gz files: the database tables in a tab-delimited format
 compressed with gzip.
To see descriptions of the tables underlying Genome Browser annotation
tracks, select the table in the Table Browser:
 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?db=papAnu2
and click the "describe table schema" button. There is also a "view
table schema" link on the configuration page for each track.
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If you plan to download a large file or multiple files from this
directory, we recommend you use ftp rather than downloading the files
via our website. To do so, ftp to hgdownload.cse.ucsc.edu, then go to
the directory goldenPath/papAnu2/database/. To download multiple
files, use the "mget" command:
 mget <filename1> <filename2> ...
 - or -
 mget -a (to download all the files in the directory)
Alternate methods to ftp access.
Using an rsync command to download the entire directory:
 rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/papAnu2/database/ .
For a single file, e.g. gc5BaseBw.txt.gz
 rsync -avzP 
 rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/papAnu2/database/gc5BaseBw.txt.gz .
Or with wget, all files:
 wget --timestamping 
 'ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/papAnu2/database/*'
With wget, a single file:
 wget --timestamping 
 'ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/papAnu2/database/gc5BaseBw.txt.gz' 
 -O gc5BaseBw.txt.gz
Please note that some files contents, such as this example gc5BaseBw.txt.gz,
will point to the data being hosted in another /gbdb/ location, which
refers to ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/gbdb/
To uncompress the *.txt.gz files:
 gunzip <table>.txt.gz
The tables can be loaded directly from the .txt.gz compressed file.
It is not necessary to uncompress them to load into a database,
as shown in the example below.
To load one of the tables directly into your local mirror database,
for example the table chromInfo:
## create table from the sql definition
$ hgsql papAnu2 < chromInfo.sql
## load data from the txt.gz file
$ zcat chromInfo.txt.gz | hgsql papAnu2 --local-infile=1 
 -e 'LOAD DATA LOCAL INFILE "/dev/stdin" INTO TABLE chromInfo;'
For conditions of use regarding the Baboon genome sequence data, see
http://www.hgsc.bcm.edu/content/conditions-use
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GenBank Data Usage
The GenBank database is designed to provide and encourage access within
the scientific community to the most up to date and comprehensive DNA
sequence information. Therefore, NCBI places no restrictions on the use
or distribution of the GenBank data. However, some submitters may claim
patent, copyright, or other intellectual property rights in all or a
portion of the data they have submitted. NCBI is not in a position to
assess the validity of such claims, and therefore cannot provide comment
or unrestricted permission concerning the use, copying, or distribution
of the information contained in GenBank.
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All the files and tables in this directory are freely usable for any purpose.
 Name Last modified Size Description 
Parent Directory - all_est.sql 2016年07月10日 09:15 2.1K all_est.txt.gz 2016年07月10日 09:15 6.2M all_mrna.sql 2020年03月01日 08:34 2.1K all_mrna.txt.gz 2020年03月01日 08:34 38K augustusGene.sql 2015年07月26日 17:21 1.9K augustusGene.txt.gz 2015年07月26日 17:21 1.9M bigFiles.sql 2025年10月12日 04:16 1.4K bigFiles.txt.gz 2025年10月12日 04:16 94 chainTarSyr2.sql 2015年05月25日 08:21 1.7K chainTarSyr2.txt.gz 2015年05月25日 08:21 129M chainTarSyr2Link.sql 2015年05月25日 08:16 1.5K chainTarSyr2Link.txt.gz 2015年05月25日 08:18 832M chromAlias.sql 2018年02月18日 08:15 1.4K chromAlias.txt.gz 2018年02月18日 08:15 615K chromInfo.sql 2013年01月22日 13:02 1.4K chromInfo.txt.gz 2013年01月22日 13:02 300K cpgIslandExt.sql 2013年01月22日 12:58 1.7K cpgIslandExt.txt.gz 2013年01月22日 12:58 597K cpgIslandExtUnmasked.sql 2014年06月01日 18:39 1.7K cpgIslandExtUnmasked.txt.gz 2014年06月01日 18:39 1.7M cytoBandIdeo.sql 2013年04月28日 20:39 1.5K cytoBandIdeo.txt.gz 2013年04月28日 20:39 308K ensGene.sql 2018年02月04日 08:56 1.9K ensGene.txt.gz 2018年02月04日 08:56 2.3M ensGtp.sql 2018年02月04日 08:54 1.4K ensGtp.txt.gz 2018年02月04日 08:54 302K ensPep.sql 2018年02月04日 08:54 1.3K ensPep.txt.gz 2018年02月04日 08:54 6.4M ensemblSource.sql 2018年02月04日 08:56 1.4K ensemblSource.txt.gz 2018年02月04日 08:56 93K ensemblToGeneName.sql 2018年02月04日 08:57 1.4K ensemblToGeneName.txt.gz 2018年02月04日 08:57 156K estOrientInfo.sql 2016年07月10日 09:15 1.8K estOrientInfo.txt.gz 2016年07月10日 09:15 1.7M extNcbiRefSeq.sql 2018年08月14日 02:21 1.5K extNcbiRefSeq.txt.gz 2018年08月14日 02:21 90 gap.sql 2013年01月22日 13:04 1.6K gap.txt.gz 2013年01月22日 13:04 1.7M gbLoaded.sql 2020年08月22日 22:18 1.6K gbLoaded.txt.gz 2020年08月22日 22:18 41K gc5BaseBw.sql 2013年01月22日 13:01 1.3K gc5BaseBw.txt.gz 2013年01月22日 13:01 63 geneid.sql 2015年11月22日 20:32 1.9K geneid.txt.gz 2015年11月22日 20:32 2.1M genscan.sql 2013年01月22日 13:01 1.7K genscan.txt.gz 2013年01月22日 13:01 2.5M genscanSubopt.sql 2013年01月22日 13:01 1.6K genscanSubopt.txt.gz 2013年01月22日 13:01 5.9M gold.sql 2013年01月22日 13:02 1.7K gold.txt.gz 2013年01月22日 13:02 1.0M grp.sql 2014年03月02日 04:14 1.3K grp.txt.gz 2014年03月02日 04:14 208 hgFindSpec.sql 2025年03月26日 16:05 1.8K hgFindSpec.txt.gz 2025年03月26日 16:05 1.2K history.sql 2013年01月22日 13:01 1.6K history.txt.gz 2013年01月22日 13:01 375 intronEst.sql 2016年07月10日 09:15 2.1K intronEst.txt.gz 2016年07月10日 09:15 3.1M microsat.sql 2015年08月24日 00:04 1.5K microsat.txt.gz 2015年08月24日 00:04 314K mrnaOrientInfo.sql 2020年05月08日 21:41 1.8K mrnaOrientInfo.txt.gz 2020年05月08日 21:41 17K ncbiRefSeq.sql 2018年02月09日 13:46 2.0K ncbiRefSeq.txt.gz 2018年02月09日 13:46 2.5M ncbiRefSeqCds.sql 2018年08月14日 02:21 1.4K ncbiRefSeqCds.txt.gz 2018年08月14日 02:21 194K ncbiRefSeqCurated.sql 2018年02月09日 13:46 2.0K ncbiRefSeqCurated.txt.gz 2018年02月09日 13:46 38K ncbiRefSeqLink.sql 2018年02月09日 13:46 2.0K ncbiRefSeqLink.txt.gz 2018年02月09日 13:46 964K ncbiRefSeqOther.sql 2018年08月14日 02:21 1.3K ncbiRefSeqOther.txt.gz 2018年08月14日 02:21 75 ncbiRefSeqPepTable.sql 2018年08月14日 02:21 1.4K ncbiRefSeqPepTable.txt.gz 2018年08月14日 02:21 6.4M ncbiRefSeqPredicted.sql 2018年02月09日 13:46 2.0K ncbiRefSeqPredicted.txt.gz 2018年02月09日 13:46 2.5M ncbiRefSeqPsl.sql 2018年02月09日 13:46 2.1K ncbiRefSeqPsl.txt.gz 2018年02月09日 13:46 2.8M nestedRepeats.sql 2013年01月22日 12:58 1.9K nestedRepeats.txt.gz 2013年01月22日 12:58 18M netTarSyr2.sql 2015年05月25日 08:21 2.1K netTarSyr2.txt.gz 2015年05月25日 08:21 71M refFlat.sql 2020年08月22日 22:18 1.7K refFlat.txt.gz 2020年08月22日 22:18 41K refGene.sql 2020年08月22日 22:18 1.9K refGene.txt.gz 2020年08月22日 22:18 45K refSeqAli.sql 2020年05月08日 21:41 2.1K refSeqAli.txt.gz 2020年05月08日 21:41 47K rmsk.sql 2013年01月22日 12:58 1.9K rmsk.txt.gz 2013年01月22日 12:58 137M seqNcbiRefSeq.sql 2018年08月14日 02:21 1.6K seqNcbiRefSeq.txt.gz 2018年08月14日 02:21 504K simpleRepeat.sql 2013年01月22日 12:58 1.9K simpleRepeat.txt.gz 2013年01月22日 12:58 29M tableDescriptions.sql 2025年10月11日 09:19 1.5K tableDescriptions.txt.gz 2025年10月11日 09:19 6.2K tableList.sql 2025年10月12日 04:16 1.6K tableList.txt.gz 2025年10月12日 04:16 3.3K trackDb.sql 2025年03月26日 16:05 2.1K trackDb.txt.gz 2025年03月26日 16:05 42K ucscToEnsembl.sql 2015年04月13日 05:01 1.4K ucscToEnsembl.txt.gz 2015年04月13日 05:01 299K ucscToRefSeq.sql 2018年02月18日 08:15 1.4K ucscToRefSeq.txt.gz 2018年02月18日 08:15 454K windowmaskerSdust.sql 2013年01月22日 13:00 1.5K windowmaskerSdust.txt.gz 2013年01月22日 13:00 144M xenoMrna.sql 2020年08月22日 21:58 2.1K xenoMrna.txt.gz 2020年08月22日 21:58 344M xenoRefFlat.sql 2020年08月22日 22:18 1.7K xenoRefFlat.txt.gz 2020年08月22日 22:18 33M xenoRefGene.sql 2020年08月22日 22:18 2.0K xenoRefGene.txt.gz 2020年08月22日 22:18 36M xenoRefSeqAli.sql 2020年08月22日 22:18 2.1K xenoRefSeqAli.txt.gz 2020年08月22日 22:18 35M

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